基因组学与应用生物学
基因組學與應用生物學
기인조학여응용생물학
GENOMICS AND APPLIED BIOLOGY
2013年
5期
594-599
,共6页
陈炳智%谢宝贵%胡良韬%邓优锦%江玉姬%刘新锐%贵甫
陳炳智%謝寶貴%鬍良韜%鄧優錦%江玉姬%劉新銳%貴甫
진병지%사보귀%호량도%산우금%강옥희%류신예%귀보
草菇基因组%tRNA基因%修正的摆动假设%同功受体tRNA
草菇基因組%tRNA基因%脩正的襬動假設%同功受體tRNA
초고기인조%tRNA기인%수정적파동가설%동공수체tRNA
Volvariella volvacea genome%tRNA%Modified wobble hypothesis%Isoacceptor tRNA
草菇(V olvariella volvacea)，又名中国蘑菇，是一种生长于中国和东南亚的重要经济食用菌。本文基于本实验室的草菇基因组测序结果，分析了草菇基因组中的tRNA情况。草菇基因组的302个框架中，共发现了177个tRNA基因，其中有7个可能的假基因，有2个携带硒代半胱氨酸，一个抑制性tRNA基因和一个未知的异型结构tRNA。除了上述11个特殊的tRNA基因外，166个tRNA可按反密码子类型分成47类。与其它5种担子菌的基因组tRNA比较，草菇的tRNA数量处于第4位，少于鬼伞、裂褶菌、灵芝，多于双孢蘑菇和平菇。通过比较分析草菇及这5种大型真菌的基因组tRNA编码情况，首次报道了几种食用菌tRNA遵守修正的摆动假说的情况。另外，草菇的同功受体tRNA非编码子序列也具有差异性，对tRNA的分析将有助于进一步研究草菇的进化。
草菇(V olvariella volvacea)，又名中國蘑菇，是一種生長于中國和東南亞的重要經濟食用菌。本文基于本實驗室的草菇基因組測序結果，分析瞭草菇基因組中的tRNA情況。草菇基因組的302箇框架中，共髮現瞭177箇tRNA基因，其中有7箇可能的假基因，有2箇攜帶硒代半胱氨痠，一箇抑製性tRNA基因和一箇未知的異型結構tRNA。除瞭上述11箇特殊的tRNA基因外，166箇tRNA可按反密碼子類型分成47類。與其它5種擔子菌的基因組tRNA比較，草菇的tRNA數量處于第4位，少于鬼傘、裂褶菌、靈芝，多于雙孢蘑菇和平菇。通過比較分析草菇及這5種大型真菌的基因組tRNA編碼情況，首次報道瞭幾種食用菌tRNA遵守脩正的襬動假說的情況。另外，草菇的同功受體tRNA非編碼子序列也具有差異性，對tRNA的分析將有助于進一步研究草菇的進化。
초고(V olvariella volvacea)，우명중국마고，시일충생장우중국화동남아적중요경제식용균。본문기우본실험실적초고기인조측서결과，분석료초고기인조중적tRNA정황。초고기인조적302개광가중，공발현료177개tRNA기인，기중유7개가능적가기인，유2개휴대서대반광안산，일개억제성tRNA기인화일개미지적이형결구tRNA。제료상술11개특수적tRNA기인외，166개tRNA가안반밀마자류형분성47류。여기타5충담자균적기인조tRNA비교，초고적tRNA수량처우제4위，소우귀산、렬습균、령지，다우쌍포마고화평고。통과비교분석초고급저5충대형진균적기인조tRNA편마정황，수차보도료궤충식용균tRNA준수수정적파동가설적정황。령외，초고적동공수체tRNA비편마자서렬야구유차이성，대tRNA적분석장유조우진일보연구초고적진화。
Volvariella volvacea, the Chinese mushroom, is a commercially important edible fungus grown in China and southeast Asia. Using genome sequencing, one hundred and seventy seven tRNA genes were identified in 302 scaffolds of V. volvacea, including seven putative pseudogenes, two genes carrying selenocysteine, an inhibitor of tRNA genes, and finally, an undetermined isotype of tRNA. The remaining 166 tRNA genes were classified into 47 categories based on their anticodons. Comparison with tRNA profiles from the other five basidiomycete genomes revealed that V. volvacea ranked fourth in terms of the number of genes encoding tRNA, following Coprinus cinereus, Schizophyllumcommune,andGandermalucidumbutaheadofAgaricusbisporusandPleurotusostreatus.Inaddition, the composition of tRNA in Volvariella volvacea and these other five basidiomycetes validates the modified wobble hypothesis. Analysis of the isoacceptor tRNA species demonstrated that they were different, which indicates the significance of this tRNA in further studies to analyze the evolution of V . volvacea.
