天津师范大学学报(自然科学版)
天津師範大學學報(自然科學版)
천진사범대학학보(자연과학판)
JOURNAL OF TIANJIN NORMAL UNIVERSITY(NATURAL SCIENCE EDITION)
2014年
1期
62-66
,共5页
曾铮%张亦陈%刘逸尘%郝彤%孙金生
曾錚%張亦陳%劉逸塵%郝彤%孫金生
증쟁%장역진%류일진%학동%손금생
中国明对虾%中华绒螯蟹%免疫基因%基因功能注释%EST%Blast2GO
中國明對蝦%中華絨螯蟹%免疫基因%基因功能註釋%EST%Blast2GO
중국명대하%중화융오해%면역기인%기인공능주석%EST%Blast2GO
以dbEST数据库中公布的中国明对虾和中华绒螯蟹的EST序列作为数据源,利用CAP3对其进行聚类拼接,采用Blast2GO软件进行功能注释,并通过查找免疫相关的GO注释和检索免疫关键词的方法寻找免疫相关基因,经与不同物种免疫基因的比较,推测可能的免疫基因序列,并进一步分析免疫基因在不同组织和细胞中的分布.结果表明,通过注释和关键词进行筛选这2种方法具有较好的互补性;预测了位于中国明对虾头胸部的60个可能的免疫基因以及位于中华绒螯蟹血细胞hemocyte、haemocyte、肝胰腺、性腺和精巢中的250个免疫基因,这些基因包括模式识别受体、抗氧化蛋白、抗菌肽、凝集素等,其中部分参与酚氧化酶原激活系统、Toll信号通路等重要免疫过程.中华绒螯蟹血细胞中具有种类丰富的免疫基因,与已有的甲壳动物免疫系统相符合.肝胰腺中发现了模式识别蛋白、蛋白酶以及数量众多的凝集素种类,提示肝胰腺在免疫过程中也发挥了一定作用.
以dbEST數據庫中公佈的中國明對蝦和中華絨螯蟹的EST序列作為數據源,利用CAP3對其進行聚類拼接,採用Blast2GO軟件進行功能註釋,併通過查找免疫相關的GO註釋和檢索免疫關鍵詞的方法尋找免疫相關基因,經與不同物種免疫基因的比較,推測可能的免疫基因序列,併進一步分析免疫基因在不同組織和細胞中的分佈.結果錶明,通過註釋和關鍵詞進行篩選這2種方法具有較好的互補性;預測瞭位于中國明對蝦頭胸部的60箇可能的免疫基因以及位于中華絨螯蟹血細胞hemocyte、haemocyte、肝胰腺、性腺和精巢中的250箇免疫基因,這些基因包括模式識彆受體、抗氧化蛋白、抗菌肽、凝集素等,其中部分參與酚氧化酶原激活繫統、Toll信號通路等重要免疫過程.中華絨螯蟹血細胞中具有種類豐富的免疫基因,與已有的甲殼動物免疫繫統相符閤.肝胰腺中髮現瞭模式識彆蛋白、蛋白酶以及數量衆多的凝集素種類,提示肝胰腺在免疫過程中也髮揮瞭一定作用.
이dbEST수거고중공포적중국명대하화중화융오해적EST서렬작위수거원,이용CAP3대기진행취류병접,채용Blast2GO연건진행공능주석,병통과사조면역상관적GO주석화검색면역관건사적방법심조면역상관기인,경여불동물충면역기인적비교,추측가능적면역기인서렬,병진일보분석면역기인재불동조직화세포중적분포.결과표명,통과주석화관건사진행사선저2충방법구유교호적호보성;예측료위우중국명대하두흉부적60개가능적면역기인이급위우중화융오해혈세포hemocyte、haemocyte、간이선、성선화정소중적250개면역기인,저사기인포괄모식식별수체、항양화단백、항균태、응집소등,기중부분삼여분양화매원격활계통、Toll신호통로등중요면역과정.중화융오해혈세포중구유충류봉부적면역기인,여이유적갑각동물면역계통상부합.간이선중발현료모식식별단백、단백매이급수량음다적응집소충류,제시간이선재면역과정중야발휘료일정작용.