河北科技师范学院学报
河北科技師範學院學報
하북과기사범학원학보
JOURNAL OF HEBEI NORMAL UNIVERSITY OF SCIENCE & TECHNOLOGY
2013年
3期
50-55
,共6页
同源建模%最近邻算法%缺失值%主成分分析
同源建模%最近鄰算法%缺失值%主成分分析
동원건모%최근린산법%결실치%주성분분석
采用最邻近算法对同源建模中的缺失值进行填充,由此扩大传统同源建模方法的研究尺度.在序列结构比对中,氨基酸的插入(删除)会引起数据缺失,传统的同源建模法不能处理这部分结构.结合最邻近算法、期望值最大化方法和主成分分析,抽取蛋白质结构演化的主要信息,构建蛋白质保守结构的低维取样空间.与标准的主成分分析相比,该方法能利用更多的演化信息,涵盖更多的具有遗传信息的区域,构造更大尺度的蛋白质取样空间.取样空间的精度用目标蛋白质结构与其在取样空间上的投影的均方根偏差评价.将该方法应用于33个蛋白质超家族,结果表明,扩大后的取样空间精度达到测定蛋白质结构的X-ray实验精度,满足后续的蛋白质结构研究.
採用最鄰近算法對同源建模中的缺失值進行填充,由此擴大傳統同源建模方法的研究呎度.在序列結構比對中,氨基痠的插入(刪除)會引起數據缺失,傳統的同源建模法不能處理這部分結構.結閤最鄰近算法、期望值最大化方法和主成分分析,抽取蛋白質結構縯化的主要信息,構建蛋白質保守結構的低維取樣空間.與標準的主成分分析相比,該方法能利用更多的縯化信息,涵蓋更多的具有遺傳信息的區域,構造更大呎度的蛋白質取樣空間.取樣空間的精度用目標蛋白質結構與其在取樣空間上的投影的均方根偏差評價.將該方法應用于33箇蛋白質超傢族,結果錶明,擴大後的取樣空間精度達到測定蛋白質結構的X-ray實驗精度,滿足後續的蛋白質結構研究.
채용최린근산법대동원건모중적결실치진행전충,유차확대전통동원건모방법적연구척도.재서렬결구비대중,안기산적삽입(산제)회인기수거결실,전통적동원건모법불능처리저부분결구.결합최린근산법、기망치최대화방법화주성분분석,추취단백질결구연화적주요신식,구건단백질보수결구적저유취양공간.여표준적주성분분석상비,해방법능이용경다적연화신식,함개경다적구유유전신식적구역,구조경대척도적단백질취양공간.취양공간적정도용목표단백질결구여기재취양공간상적투영적균방근편차평개.장해방법응용우33개단백질초가족,결과표명,확대후적취양공간정도체도측정단백질결구적X-ray실험정도,만족후속적단백질결구연구.
