北京生物医学工程
北京生物醫學工程
북경생물의학공정
BEIJING BIOMEDICAL ENGINEERING
2013年
5期
463-466,496
,共5页
李江域%王小磊%刘阳%毛逸清%赵东升%王玉民
李江域%王小磊%劉暘%毛逸清%趙東升%王玉民
리강역%왕소뢰%류양%모일청%조동승%왕옥민
高通量测序%微生物检测%序列比对%序列拼接%算法
高通量測序%微生物檢測%序列比對%序列拼接%算法
고통량측서%미생물검측%서렬비대%서렬병접%산법
high throughput sequencing%microorganism detecting%sequencing alignment%sequencing assembly%algorithm
目的 设计一种基于高通量测序数据的功能强大、处理速度快且不依赖于运行环境的本地化的微生物检测算法.方法 对微生物基因组进行分组,每次使用一组微生物基因组提取映射到其上的测序数据并滤除数据中的人类基因组数据,然后对序列进行拼接和拼接片段比对.如果根据比对结果检测出微生物种属则流程结束,否则使用下一组微生物基因组进行分析.若使用所有微生物基因组分析结束后仍未确定微生物种属,则滤除剩余的测序序列中的人类测序数据并进行拼接,拼接片段通过序列比对无法匹配到微生物基因组,则将这些拼接片段归为未知病原微生物的基因组片段.结果 利用新的检测算法对模拟数据和实际测序数据进行分析,以RINS作为对比.对于已知病原微生物,新算法的平均处理时间为75 min,RINS的平均处理时间为767 min,两个算法检测结果一致,新算法得到的拼接序列更长.对于未知病原微生物样本,新算法检测的平均处理时间为64 min,RINS的为584 min,新算法得到了较完整的原始序列.对于实测数据,新算法的平均处理时间为23 min,RINS的为68 min,检测结果一致.结论 本文实现的微生物检测算法能够对微生物进行准确、快速的检测,同时,新的检测算法可以发现未知的微生物并获取未知微生物的基因组片段.
目的 設計一種基于高通量測序數據的功能彊大、處理速度快且不依賴于運行環境的本地化的微生物檢測算法.方法 對微生物基因組進行分組,每次使用一組微生物基因組提取映射到其上的測序數據併濾除數據中的人類基因組數據,然後對序列進行拼接和拼接片段比對.如果根據比對結果檢測齣微生物種屬則流程結束,否則使用下一組微生物基因組進行分析.若使用所有微生物基因組分析結束後仍未確定微生物種屬,則濾除剩餘的測序序列中的人類測序數據併進行拼接,拼接片段通過序列比對無法匹配到微生物基因組,則將這些拼接片段歸為未知病原微生物的基因組片段.結果 利用新的檢測算法對模擬數據和實際測序數據進行分析,以RINS作為對比.對于已知病原微生物,新算法的平均處理時間為75 min,RINS的平均處理時間為767 min,兩箇算法檢測結果一緻,新算法得到的拼接序列更長.對于未知病原微生物樣本,新算法檢測的平均處理時間為64 min,RINS的為584 min,新算法得到瞭較完整的原始序列.對于實測數據,新算法的平均處理時間為23 min,RINS的為68 min,檢測結果一緻.結論 本文實現的微生物檢測算法能夠對微生物進行準確、快速的檢測,同時,新的檢測算法可以髮現未知的微生物併穫取未知微生物的基因組片段.
목적 설계일충기우고통량측서수거적공능강대、처리속도쾌차불의뢰우운행배경적본지화적미생물검측산법.방법 대미생물기인조진행분조,매차사용일조미생물기인조제취영사도기상적측서수거병려제수거중적인류기인조수거,연후대서렬진행병접화병접편단비대.여과근거비대결과검측출미생물충속칙류정결속,부칙사용하일조미생물기인조진행분석.약사용소유미생물기인조분석결속후잉미학정미생물충속,칙려제잉여적측서서렬중적인류측서수거병진행병접,병접편단통과서렬비대무법필배도미생물기인조,칙장저사병접편단귀위미지병원미생물적기인조편단.결과 이용신적검측산법대모의수거화실제측서수거진행분석,이RINS작위대비.대우이지병원미생물,신산법적평균처리시간위75 min,RINS적평균처리시간위767 min,량개산법검측결과일치,신산법득도적병접서렬경장.대우미지병원미생물양본,신산법검측적평균처리시간위64 min,RINS적위584 min,신산법득도료교완정적원시서렬.대우실측수거,신산법적평균처리시간위23 min,RINS적위68 min,검측결과일치.결론 본문실현적미생물검측산법능구대미생물진행준학、쾌속적검측,동시,신적검측산법가이발현미지적미생물병획취미지미생물적기인조편단.
