小型微型计算机系统
小型微型計算機繫統
소형미형계산궤계통
MINI-MICRO SYSTEMS
2014年
2期
423-427
,共5页
分子动力学%缓存%Cache命中率%Atom-reorder%Program Performance Application Interface (PAPI)
分子動力學%緩存%Cache命中率%Atom-reorder%Program Performance Application Interface (PAPI)
분자동역학%완존%Cache명중솔%Atom-reorder%Program Performance Application Interface (PAPI)
molecular dynamics%cache%cache hit rate%atom-reorder%program performance application interface
为了提高分子动力学模拟计算在当前具有多级缓存(Cache)结构的处理器上的计算性能,对分子动力学模拟过程中缓存(Cache)的访问特征进行了分析与优化.通过对影响Cache命中率和模拟计算效率的因素进行测试与分析,提出一种Atom-reorder算法.该方法通过重新调整粒子的顺序,使同一个或者相邻晶格的粒子在主存中的位置接近来增强程序的局部性,进而减少Cache的丢失.测试结果表明该方法对大体系模拟的Cache丢失有明显的优化,计算效率也相应提高了.
為瞭提高分子動力學模擬計算在噹前具有多級緩存(Cache)結構的處理器上的計算性能,對分子動力學模擬過程中緩存(Cache)的訪問特徵進行瞭分析與優化.通過對影響Cache命中率和模擬計算效率的因素進行測試與分析,提齣一種Atom-reorder算法.該方法通過重新調整粒子的順序,使同一箇或者相鄰晶格的粒子在主存中的位置接近來增彊程序的跼部性,進而減少Cache的丟失.測試結果錶明該方法對大體繫模擬的Cache丟失有明顯的優化,計算效率也相應提高瞭.
위료제고분자동역학모의계산재당전구유다급완존(Cache)결구적처리기상적계산성능,대분자동역학모의과정중완존(Cache)적방문특정진행료분석여우화.통과대영향Cache명중솔화모의계산효솔적인소진행측시여분석,제출일충Atom-reorder산법.해방법통과중신조정입자적순서,사동일개혹자상린정격적입자재주존중적위치접근래증강정서적국부성,진이감소Cache적주실.측시결과표명해방법대대체계모의적Cache주실유명현적우화,계산효솔야상응제고료.
