江西农业大学学报
江西農業大學學報
강서농업대학학보
ACTA AGRICULTURAE UNIVERSITATIS JIANGXIENSIS
2013年
6期
1279-1283
,共5页
王樟凤%柴学文%彭武林%黄润红%饶友生
王樟鳳%柴學文%彭武林%黃潤紅%饒友生
왕장봉%시학문%팽무림%황윤홍%요우생
珍珠鸟%Z染色体%密码子%用法
珍珠鳥%Z染色體%密碼子%用法
진주조%Z염색체%밀마자%용법
zebra finch%Z chromosome%codon%usage
从EMBL数据库下载珍珠鸟( Taeniopygia guttata) Z染色体全部基因的cDNA序列,共有610个基因的CDS序列纳入统计分析。使用CodonW (1.4.2)对CDS序列进行密码子偏性研究,确定了UUC、CUC、CUG等28个密码子为珍珠鸟Z染色体基因表达的“最优”密码子。对应分析表明,影响珍珠鸟Z染色体基因表达的密码子用法的主要因素分别为GC3s(同义密码子第3位的G C频率)、CDS的GC含量以及基因的表达水平。据此推论,珍珠鸟Z染色体基因表达的密码子偏性是核苷酸组成和选择等因素综合作用的结果。
從EMBL數據庫下載珍珠鳥( Taeniopygia guttata) Z染色體全部基因的cDNA序列,共有610箇基因的CDS序列納入統計分析。使用CodonW (1.4.2)對CDS序列進行密碼子偏性研究,確定瞭UUC、CUC、CUG等28箇密碼子為珍珠鳥Z染色體基因錶達的“最優”密碼子。對應分析錶明,影響珍珠鳥Z染色體基因錶達的密碼子用法的主要因素分彆為GC3s(同義密碼子第3位的G C頻率)、CDS的GC含量以及基因的錶達水平。據此推論,珍珠鳥Z染色體基因錶達的密碼子偏性是覈苷痠組成和選擇等因素綜閤作用的結果。
종EMBL수거고하재진주조( Taeniopygia guttata) Z염색체전부기인적cDNA서렬,공유610개기인적CDS서렬납입통계분석。사용CodonW (1.4.2)대CDS서렬진행밀마자편성연구,학정료UUC、CUC、CUG등28개밀마자위진주조Z염색체기인표체적“최우”밀마자。대응분석표명,영향진주조Z염색체기인표체적밀마자용법적주요인소분별위GC3s(동의밀마자제3위적G C빈솔)、CDS적GC함량이급기인적표체수평。거차추론,진주조Z염색체기인표체적밀마자편성시핵감산조성화선택등인소종합작용적결과。
The gene cDNA sequences of Z chromosome in zebra finch ( Taeniopygia guttata) were down-loaded from EMBL database .Total 610 CDS sequences were finally included in analyses .By the use of CodonW (1.4.2),28 codons (eg.UUC,CUC,CUG et al.) were identified as the optimal codons .The corresponding ana-lyses indicted that the main factors influcing codon usage of genes of Z chromosome in zebra finch were GC 3s, GC content of CDS ,and gene expression level .It can be deduced that the codon usage of Z chromosome in ze-bra finch is most likely affected by the combination of nucleotide composition and selection and so on .