军事医学
軍事醫學
군사의학
BULLETIN OF THE ACADEMY OF MILITARY MEDICAL SCIENCES
2013年
10期
780-783
,共4页
王小磊%李江域%毛逸清%刘阳%王玉峰%赵东升
王小磊%李江域%毛逸清%劉暘%王玉峰%趙東升
왕소뢰%리강역%모일청%류양%왕옥봉%조동승
本地化%一站式%生物信息学%Galaxy%在线分析%高性能计算
本地化%一站式%生物信息學%Galaxy%在線分析%高性能計算
본지화%일참식%생물신식학%Galaxy%재선분석%고성능계산
localized%one-stop%bioinformatics%Galaxy%online analysis%high-performance computing
目的 构建本地化的高性能一站式数据分析平台,为生物医学研究的相关科研人员提供便捷高效的计算分析服务.方法 将Galaxy软件部署在计算集群上,集成工具软件和数据集;利用分布式资源管理应用接口(DRMAA)实现与Sun Grid Engine的协同运作,自动调度和分配计算资源;并在集群上构建稳定的Web服务、FTP服务和管理数据库.结果 该平台已投入试运行并在不断完善,峰值计算能力达到每秒10万亿次,存储容量为40TB,提供序列比对、短串映射、基因注释、转录组分析、宏基因组分析及进化分析等多种功能,以及容量约为700GB的人类基因组、病毒、细菌、真菌等参考数据库.结论 该平台具备大规模数据分析的能力,能够解决高通量测序所带来的海量生物数据的存储与处理等问题.与在普通服务器上进行数据分析相比,该平台的计算集群能极大地加快数据处理过程,提高研究效率.
目的 構建本地化的高性能一站式數據分析平檯,為生物醫學研究的相關科研人員提供便捷高效的計算分析服務.方法 將Galaxy軟件部署在計算集群上,集成工具軟件和數據集;利用分佈式資源管理應用接口(DRMAA)實現與Sun Grid Engine的協同運作,自動調度和分配計算資源;併在集群上構建穩定的Web服務、FTP服務和管理數據庫.結果 該平檯已投入試運行併在不斷完善,峰值計算能力達到每秒10萬億次,存儲容量為40TB,提供序列比對、短串映射、基因註釋、轉錄組分析、宏基因組分析及進化分析等多種功能,以及容量約為700GB的人類基因組、病毒、細菌、真菌等參攷數據庫.結論 該平檯具備大規模數據分析的能力,能夠解決高通量測序所帶來的海量生物數據的存儲與處理等問題.與在普通服務器上進行數據分析相比,該平檯的計算集群能極大地加快數據處理過程,提高研究效率.
목적 구건본지화적고성능일참식수거분석평태,위생물의학연구적상관과연인원제공편첩고효적계산분석복무.방법 장Galaxy연건부서재계산집군상,집성공구연건화수거집;이용분포식자원관리응용접구(DRMAA)실현여Sun Grid Engine적협동운작,자동조도화분배계산자원;병재집군상구건은정적Web복무、FTP복무화관리수거고.결과 해평태이투입시운행병재불단완선,봉치계산능력체도매초10만억차,존저용량위40TB,제공서렬비대、단천영사、기인주석、전록조분석、굉기인조분석급진화분석등다충공능,이급용량약위700GB적인류기인조、병독、세균、진균등삼고수거고.결론 해평태구비대규모수거분석적능력,능구해결고통량측서소대래적해량생물수거적존저여처리등문제.여재보통복무기상진행수거분석상비,해평태적계산집군능겁대지가쾌수거처리과정,제고연구효솔.
