中国油料作物学报
中國油料作物學報
중국유료작물학보
CHINESE JOURNAL OF OIL CROP SCIENCES
2013年
6期
637-643
,共7页
蓖麻%全基因组%LEA基因家族%分类%进化分析
蓖痳%全基因組%LEA基因傢族%分類%進化分析
비마%전기인조%LEA기인가족%분류%진화분석
Ricinus communis L.%Genome-wide%LEA gene family%Classification%Phylogenetic analysis
基于已公布的基因组和EST数据对蓖麻LEA基因家族进行全面鉴定和系统命名,并在此基础上分析了其基因结构、生化特征、进化关系和表达特性.结果显示,蓖麻基因组中存在27个LEA基因,分属于LEA_1、LEA_2、LEA3、LEA_4、LEA_5、LEA_6、dehydrin和SMP 8个亚家族,它们散布于24条scaffold上,含有0～2个内含子不等,且其中有3个基因存在可变剪接;根据编码蛋白中的Pfam结构域类型及其进化关系,将这些基因依次命名为RcLEA1-1和-2、RcLEA2-1和-2、RcLEA3-1至-3、RcLEA4-1至-7、RcLEA5-1和-2、RcLEA6-1和-2、RcLEA7-1至-5和RcLEA8-1至-4;利用BLAT分析基因表达谱显示,在叶片、花、Ⅱ/Ⅲ期胚乳、Ⅴ/Ⅵ期胚乳和种子等组织中,所有RcLEA基因都有表达;启动子分析表明,RcLEA基因的启动子区富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境应答相关顺式作用元件.
基于已公佈的基因組和EST數據對蓖痳LEA基因傢族進行全麵鑒定和繫統命名,併在此基礎上分析瞭其基因結構、生化特徵、進化關繫和錶達特性.結果顯示,蓖痳基因組中存在27箇LEA基因,分屬于LEA_1、LEA_2、LEA3、LEA_4、LEA_5、LEA_6、dehydrin和SMP 8箇亞傢族,它們散佈于24條scaffold上,含有0～2箇內含子不等,且其中有3箇基因存在可變剪接;根據編碼蛋白中的Pfam結構域類型及其進化關繫,將這些基因依次命名為RcLEA1-1和-2、RcLEA2-1和-2、RcLEA3-1至-3、RcLEA4-1至-7、RcLEA5-1和-2、RcLEA6-1和-2、RcLEA7-1至-5和RcLEA8-1至-4;利用BLAT分析基因錶達譜顯示,在葉片、花、Ⅱ/Ⅲ期胚乳、Ⅴ/Ⅵ期胚乳和種子等組織中,所有RcLEA基因都有錶達;啟動子分析錶明,RcLEA基因的啟動子區富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境應答相關順式作用元件.
기우이공포적기인조화EST수거대비마LEA기인가족진행전면감정화계통명명,병재차기출상분석료기기인결구、생화특정、진화관계화표체특성.결과현시,비마기인조중존재27개LEA기인,분속우LEA_1、LEA_2、LEA3、LEA_4、LEA_5、LEA_6、dehydrin화SMP 8개아가족,타문산포우24조scaffold상,함유0～2개내함자불등,차기중유3개기인존재가변전접;근거편마단백중적Pfam결구역류형급기진화관계,장저사기인의차명명위RcLEA1-1화-2、RcLEA2-1화-2、RcLEA3-1지-3、RcLEA4-1지-7、RcLEA5-1화-2、RcLEA6-1화-2、RcLEA7-1지-5화RcLEA8-1지-4;이용BLAT분석기인표체보현시,재협편、화、Ⅱ/Ⅲ기배유、Ⅴ/Ⅵ기배유화충자등조직중,소유RcLEA기인도유표체;계동자분석표명,RcLEA기인적계동자구부함LTRE、ABRE、MYC、MYB화W-box등역경응답상관순식작용원건.
