生物技术通讯
生物技術通訊
생물기술통신
LETTERS IN BIOTECHNOLOGY
2014年
1期
82-86
,共5页
马成%张琪%潘一廷%覃培斌%钱小红%应万涛
馬成%張琪%潘一廷%覃培斌%錢小紅%應萬濤
마성%장기%반일정%담배빈%전소홍%응만도
基于超滤辅助样品制备%蛋白酶切%超滤管%深度覆盖
基于超濾輔助樣品製備%蛋白酶切%超濾管%深度覆蓋
기우초려보조양품제비%단백매절%초려관%심도복개
filter-aided sample preparation%protein digest%ultrafiltration%in-depth coverage
目的:基于超滤辅助样品制备(FASP)方法的出现使得使用去污剂(如SDS)的蛋白质提取方法与溶液内酶切方法得以兼容,因此提高了难溶性蛋白的鉴定数量。然而,超滤膜的非特异性吸附作用依然会造成蛋白的损失。我们拟针对该方法存在的问题对其进行改进。方法:对FASP方法进行了蛋白酶切条件、洗脱液选择、洗脱次数的改进;为测试优化方法的有效性和适用范围,选择标准蛋白BSA、鼠肝和鼠脑等3种样品进行考察。结果:相比报道的FASP方法,采用改进后的FASP方法使BSA的回收率提高了20%;经高精度质谱检测,对鼠肝、鼠脑的蛋白质鉴定结果分别比采用未优化的FASP多鉴定到2086和3592条特异肽段。结论:通过对FASP方法的优化,蛋白鉴定数量得到较大提高,该方法为蛋白质组深度覆盖研究提供了可靠的技术手段。
目的:基于超濾輔助樣品製備(FASP)方法的齣現使得使用去汙劑(如SDS)的蛋白質提取方法與溶液內酶切方法得以兼容,因此提高瞭難溶性蛋白的鑒定數量。然而,超濾膜的非特異性吸附作用依然會造成蛋白的損失。我們擬針對該方法存在的問題對其進行改進。方法:對FASP方法進行瞭蛋白酶切條件、洗脫液選擇、洗脫次數的改進;為測試優化方法的有效性和適用範圍,選擇標準蛋白BSA、鼠肝和鼠腦等3種樣品進行攷察。結果:相比報道的FASP方法,採用改進後的FASP方法使BSA的迴收率提高瞭20%;經高精度質譜檢測,對鼠肝、鼠腦的蛋白質鑒定結果分彆比採用未優化的FASP多鑒定到2086和3592條特異肽段。結論:通過對FASP方法的優化,蛋白鑒定數量得到較大提高,該方法為蛋白質組深度覆蓋研究提供瞭可靠的技術手段。
목적:기우초려보조양품제비(FASP)방법적출현사득사용거오제(여SDS)적단백질제취방법여용액내매절방법득이겸용,인차제고료난용성단백적감정수량。연이,초려막적비특이성흡부작용의연회조성단백적손실。아문의침대해방법존재적문제대기진행개진。방법:대FASP방법진행료단백매절조건、세탈액선택、세탈차수적개진;위측시우화방법적유효성화괄용범위,선택표준단백BSA、서간화서뇌등3충양품진행고찰。결과:상비보도적FASP방법,채용개진후적FASP방법사BSA적회수솔제고료20%;경고정도질보검측,대서간、서뇌적단백질감정결과분별비채용미우화적FASP다감정도2086화3592조특이태단。결론:통과대FASP방법적우화,단백감정수량득도교대제고,해방법위단백질조심도복개연구제공료가고적기술수단。
Objective: The filter-aided sample preparation(FASP) method makes detergent(such as SDS) to be compatible with "in-solution digestion". Therefore, the number of identified insoluble proteins was increased by LC-MS/MS analysis. However, non-specific adsorption of ultrafiltration device still causes sample losses. In this paper, we proposed an improved FASP method to solve this problem. Methods: The method made improvement in three aspects: protein digestive environment, eluent choice, and eluent times. We used three samples, bovine serum albu-min(BSA), mouse liver and mouse brain, to optimize the method. Results: Compared to the original FASP meth-od, the recovery of peptides from BSA increased by 20% with the optimized FASP. Furthermore, 2086 and 3592 additional peptides were identified in mouse liver and brain proteins receptively with the optimized FASP method. Conclusion: By using the optimized FASP method, we improved the level of protein identification, thus provided a reliable technique for improving the coverage of proteomics study.