中国肿瘤临床
中國腫瘤臨床
중국종류림상
CHINESE JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY
2014年
5期
349-353
,共5页
邓祯祥(综述)%李金明(审校)
鄧禎祥(綜述)%李金明(審校)
산정상(종술)%리금명(심교)
癌症基因组图谱%数据类型%数据分析%数据挖掘
癌癥基因組圖譜%數據類型%數據分析%數據挖掘
암증기인조도보%수거류형%수거분석%수거알굴
cancer genome atlas%data category%data analysis%data mining
人类癌症细胞中通常藏匿着多种引起恶性病变的染色体变异,核酸替换和表观遗传修饰。癌症基因组图谱(the can-cer genome atlas,TCGA)计划的目标是获取、刻画并分析人类癌症中大规模、多种变异的分子特征,并且为癌症研究者迅速地提供数据。本文对TCGA数据的四个产生流程以及包含的癌症种类、数据类型、数据水平、分析流程和常用的几种分析工具等进行阐述,同时以卵巢癌(ovarian cancer)为例详细介绍了TCGA数据在突变分析、拷贝数分析、表达分析和通路分析等方面的应用,并对TCGA研究团队近几年有关胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)的研究方法和结果以及已经完成分析的癌症类型进行综述。
人類癌癥細胞中通常藏匿著多種引起噁性病變的染色體變異,覈痠替換和錶觀遺傳脩飾。癌癥基因組圖譜(the can-cer genome atlas,TCGA)計劃的目標是穫取、刻畫併分析人類癌癥中大規模、多種變異的分子特徵,併且為癌癥研究者迅速地提供數據。本文對TCGA數據的四箇產生流程以及包含的癌癥種類、數據類型、數據水平、分析流程和常用的幾種分析工具等進行闡述,同時以卵巢癌(ovarian cancer)為例詳細介紹瞭TCGA數據在突變分析、拷貝數分析、錶達分析和通路分析等方麵的應用,併對TCGA研究糰隊近幾年有關膠質母細胞瘤(glioblastoma,GBM)的研究方法和結果以及已經完成分析的癌癥類型進行綜述。
인유암증세포중통상장닉착다충인기악성병변적염색체변이,핵산체환화표관유전수식。암증기인조도보(the can-cer genome atlas,TCGA)계화적목표시획취、각화병분석인유암증중대규모、다충변이적분자특정,병차위암증연구자신속지제공수거。본문대TCGA수거적사개산생류정이급포함적암증충류、수거류형、수거수평、분석류정화상용적궤충분석공구등진행천술,동시이란소암(ovarian cancer)위례상세개소료TCGA수거재돌변분석、고패수분석、표체분석화통로분석등방면적응용,병대TCGA연구단대근궤년유관효질모세포류(glioblastoma,GBM)적연구방법화결과이급이경완성분석적암증류형진행종술。
Multiple chromosomal aberrations, nucleotide substitutions, and epigenetic modifications may occur in human cancer cells, which drive malignant transformation. The Cancer Genome Atlas (TCGA) project aims to promote large-scale multi-dimensional analysis of these molecular characteristics in human cancer and rapidly provide data to researchers. In this study, we introduce four flow paths of the production of TCGA data, the collections of various cancer types, the data category and level, and the standardized pipeline of data analysis, as well as several existing data analytical tools. We used ovarian cancer as an example to introduce the application of the TCGA data in the analyses of mutation, copy number, analysis, and expression. We summarized the important findings of glioblasto-ma by TCGA teams.