湖北农业科学
湖北農業科學
호북농업과학
2013年
23期
5889-5893
,共5页
刘董敏%温志超%常珊%田绪红
劉董敏%溫誌超%常珊%田緒紅
류동민%온지초%상산%전서홍
蛋白质-DNA对接%DOT%构象变化
蛋白質-DNA對接%DOT%構象變化
단백질-DNA대접%DOT%구상변화
protein-DNA docking%DOT%conformational change
采用大分子对接程序DOT对20个具有代表性的蛋白质-DNA体系进行对接,对对接结果就各打分项与体系中的带电性问题和构象变化问题之间的具体关系进行分析.结果表明,采用DOT对大部分蛋白质-DNA体系都找到了精确度较高的对接结果:范德华能和静电能对DOT组合能的贡献反映了蛋白质-DNA体系的天然特性;对接面上允许的碰撞原子个数(NB参数)与蛋白质和DNA结合前后溶剂可达表面变化面积(ASA)呈正比关系.
採用大分子對接程序DOT對20箇具有代錶性的蛋白質-DNA體繫進行對接,對對接結果就各打分項與體繫中的帶電性問題和構象變化問題之間的具體關繫進行分析.結果錶明,採用DOT對大部分蛋白質-DNA體繫都找到瞭精確度較高的對接結果:範德華能和靜電能對DOT組閤能的貢獻反映瞭蛋白質-DNA體繫的天然特性;對接麵上允許的踫撞原子箇數(NB參數)與蛋白質和DNA結閤前後溶劑可達錶麵變化麵積(ASA)呈正比關繫.
채용대분자대접정서DOT대20개구유대표성적단백질-DNA체계진행대접,대대접결과취각타분항여체계중적대전성문제화구상변화문제지간적구체관계진행분석.결과표명,채용DOT대대부분단백질-DNA체계도조도료정학도교고적대접결과:범덕화능화정전능대DOT조합능적공헌반영료단백질-DNA체계적천연특성;대접면상윤허적팽당원자개수(NB삼수)여단백질화DNA결합전후용제가체표면변화면적(ASA)정정비관계.
