云南农业大学学报
雲南農業大學學報
운남농업대학학보
JOURNAL OF YUNNAN AGRICULTURAL UNIVERSITY
2014年
2期
179-186
,共8页
张永云%赵跃%王锐%秦彩艳%王配%王淑燕%李福泉%刘丽仙%霍海龙
張永雲%趙躍%王銳%秦綵豔%王配%王淑燕%李福泉%劉麗仙%霍海龍
장영운%조약%왕예%진채염%왕배%왕숙연%리복천%류려선%곽해룡
肌动蛋白结合蛋白-3%电子克隆%滇南小耳猪%生物信息学%组织表达
肌動蛋白結閤蛋白-3%電子剋隆%滇南小耳豬%生物信息學%組織錶達
기동단백결합단백-3%전자극륭%전남소이저%생물신식학%조직표체
profilin 3 (PFN3)%in silico cloning%Diannan small-ear pig%bioinformatics%tissue expression
通过NCBI下载猪近缘物种的PFN3基因序列,在线BLAST比对获得猪EST序列,利用Lasergene软件电子克隆猪PFN3基因编码区序列及部分侧翼序列.针对编码区设计特异引物并以滇南小耳猪为研究材料进行实验验证,同时应用半定量RT-PCR技术对30个组织进行了表达分析.研究获得了猪PFN3 414 bp的编码区序列(GenBank登录号:JX457348,对应的氨基酸登录号:AFU74013).生物信息学分析表明,该基因编码137个氨基酸,预测的蛋白质分子量(Mw)为14.73 ku,等电点(pI)为9.30.蛋白质结构分析显示,PFN3存在1个保守域,无信号肽;疏水性分析表明其N端和C端均具有亲水性;亚细胞定位显示,该蛋白位于细胞质的概率是94.1％.系统进化分析表明,猪与牛亲缘关系最近.组织表达分析表明,PFN3基因在30个被检组织中均有表达,在睾丸、肝、肾、结肠、盲肠、直肠及食管中高表达,在胸腺、甲状腺、附睾、淋巴结、十二指肠、空肠、回肠、胃、皮肤、大脑、小脑、垂体及下丘脑中中度表达,在颌下腺、肺、心、脾、肾上腺、肌肉、胰脏、脑干、舌下腺及脊髓中低表达.研究结果将为该基因在猪中的进一步功能研究奠定基础.
通過NCBI下載豬近緣物種的PFN3基因序列,在線BLAST比對穫得豬EST序列,利用Lasergene軟件電子剋隆豬PFN3基因編碼區序列及部分側翼序列.針對編碼區設計特異引物併以滇南小耳豬為研究材料進行實驗驗證,同時應用半定量RT-PCR技術對30箇組織進行瞭錶達分析.研究穫得瞭豬PFN3 414 bp的編碼區序列(GenBank登錄號:JX457348,對應的氨基痠登錄號:AFU74013).生物信息學分析錶明,該基因編碼137箇氨基痠,預測的蛋白質分子量(Mw)為14.73 ku,等電點(pI)為9.30.蛋白質結構分析顯示,PFN3存在1箇保守域,無信號肽;疏水性分析錶明其N耑和C耑均具有親水性;亞細胞定位顯示,該蛋白位于細胞質的概率是94.1％.繫統進化分析錶明,豬與牛親緣關繫最近.組織錶達分析錶明,PFN3基因在30箇被檢組織中均有錶達,在睪汍、肝、腎、結腸、盲腸、直腸及食管中高錶達,在胸腺、甲狀腺、附睪、淋巴結、十二指腸、空腸、迴腸、胃、皮膚、大腦、小腦、垂體及下丘腦中中度錶達,在頜下腺、肺、心、脾、腎上腺、肌肉、胰髒、腦榦、舌下腺及脊髓中低錶達.研究結果將為該基因在豬中的進一步功能研究奠定基礎.
통과NCBI하재저근연물충적PFN3기인서렬,재선BLAST비대획득저EST서렬,이용Lasergene연건전자극륭저PFN3기인편마구서렬급부분측익서렬.침대편마구설계특이인물병이전남소이저위연구재료진행실험험증,동시응용반정량RT-PCR기술대30개조직진행료표체분석.연구획득료저PFN3 414 bp적편마구서렬(GenBank등록호:JX457348,대응적안기산등록호:AFU74013).생물신식학분석표명,해기인편마137개안기산,예측적단백질분자량(Mw)위14.73 ku,등전점(pI)위9.30.단백질결구분석현시,PFN3존재1개보수역,무신호태;소수성분석표명기N단화C단균구유친수성;아세포정위현시,해단백위우세포질적개솔시94.1％.계통진화분석표명,저여우친연관계최근.조직표체분석표명,PFN3기인재30개피검조직중균유표체,재고환、간、신、결장、맹장、직장급식관중고표체,재흉선、갑상선、부고、림파결、십이지장、공장、회장、위、피부、대뇌、소뇌、수체급하구뇌중중도표체,재합하선、폐、심、비、신상선、기육、이장、뇌간、설하선급척수중저표체.연구결과장위해기인재저중적진일보공능연구전정기출.
