生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2014年
1期
60-64
,共5页
代谢网络%系统生物学%建模%结核杆菌
代謝網絡%繫統生物學%建模%結覈桿菌
대사망락%계통생물학%건모%결핵간균
Metabolic network%System biology%Modeling%Mycobacterium tuberculosis
基于结核分枝杆菌国际标准强毒株H37Rv菌株的基因组尺度代谢网络模型iNJ661进行分析,以寻找代谢网络中培养基的关键成分和必要基因.该研究在Matlab平台上利用COBRA工具箱,采用基于约束的建模方法进行动态生长模拟、解空间抽样在酶活性水平上的具体化和基因删除模拟实验.结果发现培养基成分中铵盐、三价铁盐、磷酸盐、硫酸盐、甘油等可影响H37Rv的生长;培养基中去除磷酸盐后十种酶均在不同程度上受到抑制,其中丙糖磷酸异构酶、3-磷酸甘油醛脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、烯醇酶受限明显.通过基因删除得出188个必要基因以及非必要基因中的16个致死基因对.基于约束建模分析可初步了解结核杆菌H37Rv菌株代谢网络的性质,可为后续相关研究提供参考和借鉴.
基于結覈分枝桿菌國際標準彊毒株H37Rv菌株的基因組呎度代謝網絡模型iNJ661進行分析,以尋找代謝網絡中培養基的關鍵成分和必要基因.該研究在Matlab平檯上利用COBRA工具箱,採用基于約束的建模方法進行動態生長模擬、解空間抽樣在酶活性水平上的具體化和基因刪除模擬實驗.結果髮現培養基成分中銨鹽、三價鐵鹽、燐痠鹽、硫痠鹽、甘油等可影響H37Rv的生長;培養基中去除燐痠鹽後十種酶均在不同程度上受到抑製,其中丙糖燐痠異構酶、3-燐痠甘油醛脫氫酶、燐痠甘油痠變位酶、烯醇酶受限明顯.通過基因刪除得齣188箇必要基因以及非必要基因中的16箇緻死基因對.基于約束建模分析可初步瞭解結覈桿菌H37Rv菌株代謝網絡的性質,可為後續相關研究提供參攷和藉鑒.
기우결핵분지간균국제표준강독주H37Rv균주적기인조척도대사망락모형iNJ661진행분석,이심조대사망락중배양기적관건성분화필요기인.해연구재Matlab평태상이용COBRA공구상,채용기우약속적건모방법진행동태생장모의、해공간추양재매활성수평상적구체화화기인산제모의실험.결과발현배양기성분중안염、삼개철염、린산염、류산염、감유등가영향H37Rv적생장;배양기중거제린산염후십충매균재불동정도상수도억제,기중병당린산이구매、3-린산감유철탈경매、린산감유산변위매、희순매수한명현.통과기인산제득출188개필요기인이급비필요기인중적16개치사기인대.기우약속건모분석가초보료해결핵간균H37Rv균주대사망락적성질,가위후속상관연구제공삼고화차감.
