生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2014年
1期
10-17
,共8页
张玉叶%黄宁%肖新换%苏炜华%黄珑%罗俊%阙友雄
張玉葉%黃寧%肖新換%囌煒華%黃瓏%囉俊%闕友雄
장옥협%황저%초신환%소위화%황롱%라준%궐우웅
甘蔗%Cyt C基因%电子克隆%生物信息学%电子表达分析
甘蔗%Cyt C基因%電子剋隆%生物信息學%電子錶達分析
감자%Cyt C기인%전자극륭%생물신식학%전자표체분석
Sugarcane%Cyt C gene%In silico cloning%Bioinformatics%Electronic expression analysis
以甘蔗类似细胞色素C的EST序列CF576943.1为探针,通过电子克隆技术获得了甘蔗细胞色素C基因(Cytochrome C,Cyt C)的一条cDNA全长序列,命名为ScCyt C.用生物信息学方法对该基因氨基酸序列与组成、亚细胞定位、跨膜区与信号肽、疏水性/亲水性、蛋白质二、三级结构以及功能等进行分析与预测.结果表明:Cyt C基因全长1 073 bp,编码112个氨基酸,该基因位于细胞质,为非分泌型蛋白,无规卷曲为主要二级结构原件,含有1个保守功能域,主要功能为翻译并且在不同植物中具有高度保守性.电子表达分析结果显示,该基因在甘蔗各个组织均有表达,其中在茎和根中的表达量比其他组织类型中表达量高,此外,该基因的表达可能受到低温的调控.为甘蔗细胞色素C基因的结构及其功能的研究奠定了一定的基础.
以甘蔗類似細胞色素C的EST序列CF576943.1為探針,通過電子剋隆技術穫得瞭甘蔗細胞色素C基因(Cytochrome C,Cyt C)的一條cDNA全長序列,命名為ScCyt C.用生物信息學方法對該基因氨基痠序列與組成、亞細胞定位、跨膜區與信號肽、疏水性/親水性、蛋白質二、三級結構以及功能等進行分析與預測.結果錶明:Cyt C基因全長1 073 bp,編碼112箇氨基痠,該基因位于細胞質,為非分泌型蛋白,無規捲麯為主要二級結構原件,含有1箇保守功能域,主要功能為翻譯併且在不同植物中具有高度保守性.電子錶達分析結果顯示,該基因在甘蔗各箇組織均有錶達,其中在莖和根中的錶達量比其他組織類型中錶達量高,此外,該基因的錶達可能受到低溫的調控.為甘蔗細胞色素C基因的結構及其功能的研究奠定瞭一定的基礎.
이감자유사세포색소C적EST서렬CF576943.1위탐침,통과전자극륭기술획득료감자세포색소C기인(Cytochrome C,Cyt C)적일조cDNA전장서렬,명명위ScCyt C.용생물신식학방법대해기인안기산서렬여조성、아세포정위、과막구여신호태、소수성/친수성、단백질이、삼급결구이급공능등진행분석여예측.결과표명:Cyt C기인전장1 073 bp,편마112개안기산,해기인위우세포질,위비분비형단백,무규권곡위주요이급결구원건,함유1개보수공능역,주요공능위번역병차재불동식물중구유고도보수성.전자표체분석결과현시,해기인재감자각개조직균유표체,기중재경화근중적표체량비기타조직류형중표체량고,차외,해기인적표체가능수도저온적조공.위감자세포색소C기인적결구급기공능적연구전정료일정적기출.
