西南农业学报
西南農業學報
서남농업학보
SOUTHWEST CHINA JOURNAL OF AGRICULTURAL SCIENCES
2014年
2期
646-651
,共6页
郑宽瑜%董家红%苏晓霞%方琦%郑雪%张仲凯
鄭寬瑜%董傢紅%囌曉霞%方琦%鄭雪%張仲凱
정관유%동가홍%소효하%방기%정설%장중개
番茄斑萎病毒属%非结构蛋白%NSs%生物信息学
番茄斑萎病毒屬%非結構蛋白%NSs%生物信息學
번가반위병독속%비결구단백%NSs%생물신식학
Tospovirus%Non-structural protein%NSs%Bioinformatic
番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒编码的非结构蛋白NSs,可能在病毒复制、转录、抑制RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法对21个Tospovirus病毒成员的NSs序列进行分析,为进一步研究NSs的功能提供参考信息.从GenBank数据库中下载NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩阵分析,发现一些Tospovirus病毒成员之间的NSs氨基酸序列相似性很低,最低仅为7.1％;用ClustalX2.1进行NSs的氨基酸多序列比对分析,发现Tospovirus病毒成员的NSs相对保守区主要位于NSs的C端的位置,高度保守的氨基酸位点共有9个;PROSlTE对NSs进行模体预测分析,结果显示Tospovirus病毒NSs共有的蛋白修饰:C蛋白激酶磷酸化、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化和N-酰基化.此外,不同种的Tospovirus病毒NSs模体也表现出了多样性的特点.预测结果为下一步研究NSs功能奠定了基础.
番茄斑萎病毒屬(Tospovirus)病毒編碼的非結構蛋白NSs,可能在病毒複製、轉錄、抑製RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法對21箇Tospovirus病毒成員的NSs序列進行分析,為進一步研究NSs的功能提供參攷信息.從GenBank數據庫中下載NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩陣分析,髮現一些Tospovirus病毒成員之間的NSs氨基痠序列相似性很低,最低僅為7.1％;用ClustalX2.1進行NSs的氨基痠多序列比對分析,髮現Tospovirus病毒成員的NSs相對保守區主要位于NSs的C耑的位置,高度保守的氨基痠位點共有9箇;PROSlTE對NSs進行模體預測分析,結果顯示Tospovirus病毒NSs共有的蛋白脩飾:C蛋白激酶燐痠化、酪蛋白激酶Ⅱ燐痠化和N-酰基化.此外,不同種的Tospovirus病毒NSs模體也錶現齣瞭多樣性的特點.預測結果為下一步研究NSs功能奠定瞭基礎.
번가반위병독속(Tospovirus)병독편마적비결구단백NSs,가능재병독복제、전록、억제RNA침묵중기중요작용,본문이용생물신식방법대21개Tospovirus병독성원적NSs서렬진행분석,위진일보연구NSs적공능제공삼고신식.종GenBank수거고중하재NSs기인서렬,용DNAMAN5.0주NSs상사성구진분석,발현일사Tospovirus병독성원지간적NSs안기산서렬상사성흔저,최저부위7.1％;용ClustalX2.1진행NSs적안기산다서렬비대분석,발현Tospovirus병독성원적NSs상대보수구주요위우NSs적C단적위치,고도보수적안기산위점공유9개;PROSlTE대NSs진행모체예측분석,결과현시Tospovirus병독NSs공유적단백수식:C단백격매린산화、락단백격매Ⅱ린산화화N-선기화.차외,불동충적Tospovirus병독NSs모체야표현출료다양성적특점.예측결과위하일보연구NSs공능전정료기출.
