西南农业学报
西南農業學報
서남농업학보
SOUTHWEST CHINA JOURNAL OF AGRICULTURAL SCIENCES
2014年
2期
507-511
,共5页
电子克隆%高粱%SAMDC基因%生物信息学
電子剋隆%高粱%SAMDC基因%生物信息學
전자극륭%고량%SAMDC기인%생물신식학
In silico cloning%Sorghum%SAMDC gene%Bioinformatics
以小麦S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(SAMDC)cDNA序列为信息探针,基于高粱EST数据库,通过电子克隆技术获得一个全长为2088 bp的高粱SAMDC基因.采用生物信息学方法对其开放读码框、理化性质、二级结构、结构域等进行分析.结果表明:此contig片段包含一个长达1197 bp的完整开放读框,编码398个氨基酸,分子量为43 246.0 KD,理论等电点为4.88;二级结构主要构件为无规则卷曲,结构功能域属于S-腺苷甲硫氨酸超家族.同源性分析表明,高粱SAMDC基因编码的蛋白与甘蔗SAMDC基因编码的蛋白同源性达94％.以上研究结果为进一步克隆该基因及功能验证奠定了基础.
以小麥S-腺苷甲硫氨痠脫羧酶(SAMDC)cDNA序列為信息探針,基于高粱EST數據庫,通過電子剋隆技術穫得一箇全長為2088 bp的高粱SAMDC基因.採用生物信息學方法對其開放讀碼框、理化性質、二級結構、結構域等進行分析.結果錶明:此contig片段包含一箇長達1197 bp的完整開放讀框,編碼398箇氨基痠,分子量為43 246.0 KD,理論等電點為4.88;二級結構主要構件為無規則捲麯,結構功能域屬于S-腺苷甲硫氨痠超傢族.同源性分析錶明,高粱SAMDC基因編碼的蛋白與甘蔗SAMDC基因編碼的蛋白同源性達94％.以上研究結果為進一步剋隆該基因及功能驗證奠定瞭基礎.
이소맥S-선감갑류안산탈최매(SAMDC)cDNA서렬위신식탐침,기우고량EST수거고,통과전자극륭기술획득일개전장위2088 bp적고량SAMDC기인.채용생물신식학방법대기개방독마광、이화성질、이급결구、결구역등진행분석.결과표명:차contig편단포함일개장체1197 bp적완정개방독광,편마398개안기산,분자량위43 246.0 KD,이론등전점위4.88;이급결구주요구건위무규칙권곡,결구공능역속우S-선감갑류안산초가족.동원성분석표명,고량SAMDC기인편마적단백여감자SAMDC기인편마적단백동원성체94％.이상연구결과위진일보극륭해기인급공능험증전정료기출.
