西南农业学报
西南農業學報
서남농업학보
SOUTHWEST CHINA JOURNAL OF AGRICULTURAL SCIENCES
2014年
2期
469-475
,共7页
张志勇%蒲志刚%王平%向跃武%蔡平钟%张志雄
張誌勇%蒲誌剛%王平%嚮躍武%蔡平鐘%張誌雄
장지용%포지강%왕평%향약무%채평종%장지웅
突变体%野生型%全基因组测定%SNP%InDel%SV
突變體%野生型%全基因組測定%SNP%InDel%SV
돌변체%야생형%전기인조측정%SNP%InDel%SV
Mutant%Wild type%Determination of whole genome%SNP%InDel%SV
将航天诱交突变体和野生型水稻材料进行全基因组测定,以已经完成全基因组测定的籼型水稻9311基因组序列为对照,利用SOAPsnp、SOAPindel和SOAPsv软件对序列进行SNP、InDel和SV等分析.结果发现野生型中出现SNPs 348966个,插入缺失片段(1～5 bp)62 298个,结构变异9962个;突变体材料中出现SNPs452173个,插入缺失片段(1～5 bp)66 977个,结构变异10336个.分析表明航天诱变因子对水稻基因组的诱变作用基本上平均分布,它与各对染色体的大小呈正相关.突变体中发生的诱变类型是SNPs＞ InDel＞ SV,表明航天诱变因子对水稻基因组中单碱基的改变为主要因素.本研究为探索航天诱变规律和更全面利用突交体资源奠定基础,为水稻功能基因研究和杂交水稻新资源的利用作出贡献.
將航天誘交突變體和野生型水稻材料進行全基因組測定,以已經完成全基因組測定的秈型水稻9311基因組序列為對照,利用SOAPsnp、SOAPindel和SOAPsv軟件對序列進行SNP、InDel和SV等分析.結果髮現野生型中齣現SNPs 348966箇,插入缺失片段(1～5 bp)62 298箇,結構變異9962箇;突變體材料中齣現SNPs452173箇,插入缺失片段(1～5 bp)66 977箇,結構變異10336箇.分析錶明航天誘變因子對水稻基因組的誘變作用基本上平均分佈,它與各對染色體的大小呈正相關.突變體中髮生的誘變類型是SNPs＞ InDel＞ SV,錶明航天誘變因子對水稻基因組中單堿基的改變為主要因素.本研究為探索航天誘變規律和更全麵利用突交體資源奠定基礎,為水稻功能基因研究和雜交水稻新資源的利用作齣貢獻.
장항천유교돌변체화야생형수도재료진행전기인조측정,이이경완성전기인조측정적선형수도9311기인조서렬위대조,이용SOAPsnp、SOAPindel화SOAPsv연건대서렬진행SNP、InDel화SV등분석.결과발현야생형중출현SNPs 348966개,삽입결실편단(1～5 bp)62 298개,결구변이9962개;돌변체재료중출현SNPs452173개,삽입결실편단(1～5 bp)66 977개,결구변이10336개.분석표명항천유변인자대수도기인조적유변작용기본상평균분포,타여각대염색체적대소정정상관.돌변체중발생적유변류형시SNPs＞ InDel＞ SV,표명항천유변인자대수도기인조중단감기적개변위주요인소.본연구위탐색항천유변규률화경전면이용돌교체자원전정기출,위수도공능기인연구화잡교수도신자원적이용작출공헌.
