中国医药生物技术
中國醫藥生物技術
중국의약생물기술
CHINESE MEDICINAL BIOTECHNOLOGY
2008年
4期
266-272
,共7页
磷酸二酯酶抑制剂%药物设计%中草药%数据库
燐痠二酯酶抑製劑%藥物設計%中草藥%數據庫
린산이지매억제제%약물설계%중초약%수거고
目的 构建磷酸二酯酶4(PDE4)抑制剂药效团模型,为中草药的相关虚拟筛选研究提供新的方法.方法 以22个具有PDE4抑制活性的化合物作为训练集化合物,其半数抑制浓度(IC50)范围在0.042～23000 nmol·L-1.利用Catalyst/HypoGen 系统,对训练集化合物进行构象分析,通过对训练集化合物多个构象进行叠合,提取药效团特征及三维空间限制构建药效团模型.结合数据库搜索命中率筛选最优药效团.结果 最优药效团模型包含2个氢键受体、1个脂性疏水基团和1个芳香环特征,排除体积数为6个.模型相关系数、Total cost值、Fixed cost值、Null cost值、△cost值和 Configuration cost值分别为0.9047、117.7、90.84、180.4、62.7和15.71.利用所得较优模型对MDL药物数据报道数据库进行搜索,该模型的命中已知活性化合物数与命中已知活性化合物总数比值为58.95%.结论 利用Catalyst系统构建的PDE4抑制剂药效团具有较好的预测能力,可作为提问结构用于数据库的搜索,有助于中草药中具有抑制PDE4活性的化合物的虚拟筛选研究.
目的 構建燐痠二酯酶4(PDE4)抑製劑藥效糰模型,為中草藥的相關虛擬篩選研究提供新的方法.方法 以22箇具有PDE4抑製活性的化閤物作為訓練集化閤物,其半數抑製濃度(IC50)範圍在0.042～23000 nmol·L-1.利用Catalyst/HypoGen 繫統,對訓練集化閤物進行構象分析,通過對訓練集化閤物多箇構象進行疊閤,提取藥效糰特徵及三維空間限製構建藥效糰模型.結閤數據庫搜索命中率篩選最優藥效糰.結果 最優藥效糰模型包含2箇氫鍵受體、1箇脂性疏水基糰和1箇芳香環特徵,排除體積數為6箇.模型相關繫數、Total cost值、Fixed cost值、Null cost值、△cost值和 Configuration cost值分彆為0.9047、117.7、90.84、180.4、62.7和15.71.利用所得較優模型對MDL藥物數據報道數據庫進行搜索,該模型的命中已知活性化閤物數與命中已知活性化閤物總數比值為58.95%.結論 利用Catalyst繫統構建的PDE4抑製劑藥效糰具有較好的預測能力,可作為提問結構用于數據庫的搜索,有助于中草藥中具有抑製PDE4活性的化閤物的虛擬篩選研究.
목적 구건린산이지매4(PDE4)억제제약효단모형,위중초약적상관허의사선연구제공신적방법.방법 이22개구유PDE4억제활성적화합물작위훈련집화합물,기반수억제농도(IC50)범위재0.042～23000 nmol·L-1.이용Catalyst/HypoGen 계통,대훈련집화합물진행구상분석,통과대훈련집화합물다개구상진행첩합,제취약효단특정급삼유공간한제구건약효단모형.결합수거고수색명중솔사선최우약효단.결과 최우약효단모형포함2개경건수체、1개지성소수기단화1개방향배특정,배제체적수위6개.모형상관계수、Total cost치、Fixed cost치、Null cost치、△cost치화 Configuration cost치분별위0.9047、117.7、90.84、180.4、62.7화15.71.이용소득교우모형대MDL약물수거보도수거고진행수색,해모형적명중이지활성화합물수여명중이지활성화합물총수비치위58.95%.결론 이용Catalyst계통구건적PDE4억제제약효단구유교호적예측능력,가작위제문결구용우수거고적수색,유조우중초약중구유억제PDE4활성적화합물적허의사선연구.
