CAJ | 학술논문

采用3种不同的生物信息分析法对HBV S基因序列进行分析以鉴定HBV基因型,并比较分析各方法的优缺点.采集10例HBV慢性感染者血清,抽提HBV DNA,PCR扩增HBV S基因并测序.分别采用Clustal X软件和Bioedit软件计算S基因核苷酸和氨基酸同源性；DNAstart软件、Clustal X软件和Mega 4软件绘制S基因遗传进化树；以及在线Genotyping软件,将10例S基因序列与不同型及亚型HBV S序列比较以鉴定基因型及亚型.S基因核苷酸和氨基酸同源性计算结果显示1,3,4,5,7,8,9,10号标本与B2 AF121243同源性最高,核苷酸同源性分别是98.0％,99.0％,98.8％,99.1％,99.2％,99.5％,99.5％,99.6％,而2号标本与C2 M38636同源性最高,核苷酸同源性为97.7％,6号标本与C4 GQ377630同源性最高,核苷酸同源性为97.3％；构建系统树法鉴定结果为1,3,4,5,7,8,9,10号标本与B2 AF121243进化距离最近,而2号标本与C2 M38636进化距离最近,6号标本与C4 GQ377630进化距离最近；Genotyping比对发现1,3,4,5,7,8,9,10号标本属于B基因型,2,6号标本属于C基因型.结论S基因核苷酸及氨基酸同源性的计算法可有效用于乙型肝炎病毒基因分型,是对现有分型方法系统树构建法以及在线Genotyping法的补充.
채용3충불동적생물신식분석법대HBV S기인서렬진행분석이감정HBV기인형,병비교분석각방법적우결점.채집10례HBV만성감염자혈청,추제HBV DNA,PCR확증HBV S기인병측서.분별채용Clustal X연건화Bioedit연건계산S기인핵감산화안기산동원성；DNAstart연건、Clustal X연건화Mega 4연건회제S기인유전진화수；이급재선Genotyping연건,장10례S기인서렬여불동형급아형HBV S서렬비교이감정기인형급아형.S기인핵감산화안기산동원성계산결과현시1,3,4,5,7,8,9,10호표본여B2 AF121243동원성최고,핵감산동원성분별시98.0％,99.0％,98.8％,99.1％,99.2％,99.5％,99.5％,99.6％,이2호표본여C2 M38636동원성최고,핵감산동원성위97.7％,6호표본여C4 GQ377630동원성최고,핵감산동원성위97.3％；구건계통수법감정결과위1,3,4,5,7,8,9,10호표본여B2 AF121243진화거리최근,이2호표본여C2 M38636진화거리최근,6호표본여C4 GQ377630진화거리최근；Genotyping비대발현1,3,4,5,7,8,9,10호표본속우B기인형,2,6호표본속우C기인형.결론S기인핵감산급안기산동원성적계산법가유효용우을형간염병독기인분형,시대현유분형방법계통수구건법이급재선Genotyping법적보충.