计算机辅助设计与图形学学报
計算機輔助設計與圖形學學報
계산궤보조설계여도형학학보
JOURNAL OF COMPUTER-AIDED DESIGN & COMPUTER GRAPHICS
2010年
3期
420-427
,共8页
Smith-Waterman算法%序列比对%CUDA
Smith-Waterman算法%序列比對%CUDA
Smith-Waterman산법%서렬비대%CUDA
Smith-Waterman algorithm%sequence alignment%CUDA
为了精确高效地进行生物序列比对,提出一种GPU加速的Smith-Waterman算法.该算法使用菱形数据布局以更充分地利用GPU的并行处理能力;使用查询串分批处理技术来支持上百兆规模的序列比对;同时引入树形算法,以优化最大匹配值的计算.将该算法在一块NVIDIA GeForce GTX 285显卡上实现,并使用多组不同规模的生物序列进行了比对实验.实验结果表明,与CPU上的串行算法相比,采用文中算法最高可获得120倍以上的性能提升.
為瞭精確高效地進行生物序列比對,提齣一種GPU加速的Smith-Waterman算法.該算法使用蔆形數據佈跼以更充分地利用GPU的併行處理能力;使用查詢串分批處理技術來支持上百兆規模的序列比對;同時引入樹形算法,以優化最大匹配值的計算.將該算法在一塊NVIDIA GeForce GTX 285顯卡上實現,併使用多組不同規模的生物序列進行瞭比對實驗.實驗結果錶明,與CPU上的串行算法相比,採用文中算法最高可穫得120倍以上的性能提升.
위료정학고효지진행생물서렬비대,제출일충GPU가속적Smith-Waterman산법.해산법사용릉형수거포국이경충분지이용GPU적병행처리능력;사용사순천분비처리기술래지지상백조규모적서렬비대;동시인입수형산법,이우화최대필배치적계산.장해산법재일괴NVIDIA GeForce GTX 285현잡상실현,병사용다조불동규모적생물서렬진행료비대실험.실험결과표명,여CPU상적천행산법상비,채용문중산법최고가획득120배이상적성능제승.
