军事医学科学院院刊
軍事醫學科學院院刊
군사의학과학원원간
BULLETIN OF THE ACADEMY OF MILITARY MEDICAL SCIENCES
2009年
5期
465-468,472
,共5页
杭兴宜%邓明华%孙志贤%张成岗
杭興宜%鄧明華%孫誌賢%張成崗
항흥의%산명화%손지현%장성강
外显子芯片%可变剪接%算法%基因表达
外顯子芯片%可變剪接%算法%基因錶達
외현자심편%가변전접%산법%기인표체
可变剪接(alternative splicing)是产生高等真核生物蛋白质多样性的重要分子调控机制之一,众多研究表明,可变剪接可以改变蛋白质的结构和功能从而导致多种人类疾病.外显子芯片是Affymetrix公司开发的全基因组范围内检测外显子表达的高通量芯片系统,可通过检测外显子的差异表达来推断可变剪接事件.和传统的3′基因表达芯片相比,外显子芯片不仅探针(probe)设计的密度大,而且覆盖了全转录本中所有已知和预测的外显子.外显子芯片的数据分析包含基因和外显子两个水平的分析流程以及可变剪接预测部分.由于使用常规的芯片分析方法并不能有效地预测可变剪接事件,因此本文就现有的外显子芯片分析方法和流程进行综述,并着重介绍可变剪接事件预测的新算法.
可變剪接(alternative splicing)是產生高等真覈生物蛋白質多樣性的重要分子調控機製之一,衆多研究錶明,可變剪接可以改變蛋白質的結構和功能從而導緻多種人類疾病.外顯子芯片是Affymetrix公司開髮的全基因組範圍內檢測外顯子錶達的高通量芯片繫統,可通過檢測外顯子的差異錶達來推斷可變剪接事件.和傳統的3′基因錶達芯片相比,外顯子芯片不僅探針(probe)設計的密度大,而且覆蓋瞭全轉錄本中所有已知和預測的外顯子.外顯子芯片的數據分析包含基因和外顯子兩箇水平的分析流程以及可變剪接預測部分.由于使用常規的芯片分析方法併不能有效地預測可變剪接事件,因此本文就現有的外顯子芯片分析方法和流程進行綜述,併著重介紹可變剪接事件預測的新算法.
가변전접(alternative splicing)시산생고등진핵생물단백질다양성적중요분자조공궤제지일,음다연구표명,가변전접가이개변단백질적결구화공능종이도치다충인류질병.외현자심편시Affymetrix공사개발적전기인조범위내검측외현자표체적고통량심편계통,가통과검측외현자적차이표체래추단가변전접사건.화전통적3′기인표체심편상비,외현자심편불부탐침(probe)설계적밀도대,이차복개료전전록본중소유이지화예측적외현자.외현자심편적수거분석포함기인화외현자량개수평적분석류정이급가변전접예측부분.유우사용상규적심편분석방법병불능유효지예측가변전접사건,인차본문취현유적외현자심편분석방법화류정진행종술,병착중개소가변전접사건예측적신산법.
