南方农业学报
南方農業學報
남방농업학보
GUANGXI AGRICULTURAL SCIENCES
2012年
10期
1569-1574
,共6页
梁静真%饶颖竹%陈蓉%邓富琳
樑靜真%饒穎竹%陳蓉%鄧富琳
량정진%요영죽%진용%산부림
红鳍东方鲀%组织蛋白酶L%生物信息学%电子克隆%序列分析
紅鰭東方鲀%組織蛋白酶L%生物信息學%電子剋隆%序列分析
홍기동방돈%조직단백매L%생물신식학%전자극륭%서렬분석
[目的]采用电子克隆技术克隆红鳍东方鲀组织蛋白酶L基因,并应用生物信息学技术分析其推导氨基酸的序列特征,为进一步探索其在免疫功能中的作用奠定基础.[方法]以斑马鱼的组织蛋白酶L核苷酸序列(Y08321.1)为探针,对红鳍东方鲀基因组数据库进行BLASTn分析,将检索到的匹配结果进行碱基3′端及5′端的适当延长,用DNAssist预测其编码信息;然后从GenBank获取若干物种组织蛋白酶L序列,用DNASTAR软件进行比对.[结果]红鳍东方鲀组织蛋白酶L基因全长2005 bp,含7个外显子和6个内含子;包含编码336个氨基酸的开放阅读框(1011 bp);其推导的氨基酸序列具有组织蛋白酶L所特有的氨基酸保守结构域(ERWNIN和GNFD)及由Cys25、His159和Ash175残基组成的保守活性位点,与青鳉、鲤鱼的组织蛋白酶L基因具有较高的序列一致性.[结论]红鳍东方鲀组织蛋白酶L的一些结构域和催化活性位点在进化过程中比较保守,与鱼类物种来源的组织蛋白酶L在氨基酸水平上一致性较高,在进化上亲缘关系较近.
[目的]採用電子剋隆技術剋隆紅鰭東方鲀組織蛋白酶L基因,併應用生物信息學技術分析其推導氨基痠的序列特徵,為進一步探索其在免疫功能中的作用奠定基礎.[方法]以斑馬魚的組織蛋白酶L覈苷痠序列(Y08321.1)為探針,對紅鰭東方鲀基因組數據庫進行BLASTn分析,將檢索到的匹配結果進行堿基3′耑及5′耑的適噹延長,用DNAssist預測其編碼信息;然後從GenBank穫取若榦物種組織蛋白酶L序列,用DNASTAR軟件進行比對.[結果]紅鰭東方鲀組織蛋白酶L基因全長2005 bp,含7箇外顯子和6箇內含子;包含編碼336箇氨基痠的開放閱讀框(1011 bp);其推導的氨基痠序列具有組織蛋白酶L所特有的氨基痠保守結構域(ERWNIN和GNFD)及由Cys25、His159和Ash175殘基組成的保守活性位點,與青鳉、鯉魚的組織蛋白酶L基因具有較高的序列一緻性.[結論]紅鰭東方鲀組織蛋白酶L的一些結構域和催化活性位點在進化過程中比較保守,與魚類物種來源的組織蛋白酶L在氨基痠水平上一緻性較高,在進化上親緣關繫較近.
[목적]채용전자극륭기술극륭홍기동방돈조직단백매L기인,병응용생물신식학기술분석기추도안기산적서렬특정,위진일보탐색기재면역공능중적작용전정기출.[방법]이반마어적조직단백매L핵감산서렬(Y08321.1)위탐침,대홍기동방돈기인조수거고진행BLASTn분석,장검색도적필배결과진행감기3′단급5′단적괄당연장,용DNAssist예측기편마신식;연후종GenBank획취약간물충조직단백매L서렬,용DNASTAR연건진행비대.[결과]홍기동방돈조직단백매L기인전장2005 bp,함7개외현자화6개내함자;포함편마336개안기산적개방열독광(1011 bp);기추도적안기산서렬구유조직단백매L소특유적안기산보수결구역(ERWNIN화GNFD)급유Cys25、His159화Ash175잔기조성적보수활성위점,여청장、리어적조직단백매L기인구유교고적서렬일치성.[결론]홍기동방돈조직단백매L적일사결구역화최화활성위점재진화과정중비교보수,여어류물충래원적조직단백매L재안기산수평상일치성교고,재진화상친연관계교근.
