生物化学与生物物理进展
生物化學與生物物理進展
생물화학여생물물리진전
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS
2009年
12期
1613-1616
,共4页
孙汉昌%李栋%王建%刘中扬%朱云平%谢红卫%贺福初
孫漢昌%李棟%王建%劉中颺%硃雲平%謝紅衛%賀福初
손한창%리동%왕건%류중양%주운평%사홍위%하복초
系统生物学%生物学通路%蛋白质%蛋白质相互作用%交联元件%通路扩展%cytoscape插件
繫統生物學%生物學通路%蛋白質%蛋白質相互作用%交聯元件%通路擴展%cytoscape插件
계통생물학%생물학통로%단백질%단백질상호작용%교련원건%통로확전%cytoscape삽건
systems biology%biological pathway%protein-protein interactions%crosstalk elements%pathway expanding%cytoscape plugin
Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmorger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件.该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来.PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计.用户可以通过网站http://www.hupo.org.cn/PNmcrger下载PNmerger插件.
Cytoscape是一箇廣汎應用于分子相互作用網絡可視化的軟件.髮展瞭一箇基于java的Cytoscape插件PNmorger.對于一箇蛋白質相互作用網絡,PNmerger能夠使用KEGG數據庫中的通路信息自動註釋網絡中的蛋白質.併通過網絡和通路的比較髮現網絡中已知的通路元件,預測可能的通路元件及通路交聯元件.該軟件可以可視化網絡中存在的通路模塊,併將連接不同通路間的潛在交聯元件顯示齣來.PNmerger軟件能夠有效地幫助實驗人員髮現網絡中重要的功能線索,幫助實驗人員進行實驗設計.用戶可以通過網站http://www.hupo.org.cn/PNmcrger下載PNmerger插件.
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