小型微型计算机系统
小型微型計算機繫統
소형미형계산궤계통
MINI-MICRO SYSTEMS
2013年
4期
843-846
,共4页
金明灿%胡长军%李建江%李越%韩载浩
金明燦%鬍長軍%李建江%李越%韓載浩
금명찬%호장군%리건강%리월%한재호
并行计算%多细胞分子动力学算法%作用路径%消息传递次数
併行計算%多細胞分子動力學算法%作用路徑%消息傳遞次數
병행계산%다세포분자동역학산법%작용로경%소식전체차수
多细胞分子动力学算法是分子动力学模拟中普遍使用的并行算法.因为利用不同作用路径的多细胞分子动力学算法的消息传递次数彼此不同,利用作用路径能够优化消息传递次数.优化消息传递次数是一种设计高效并行算法的方法.因此,本文研究十六个不同的作用路径,推导出十六个表示消息传递次数的数学模型,并在高性能通信和负载平衡方面决定十六个模型中最好的.实验结果表明模型的平均正确率是99.1391％,它的一个时间步骤的并行效率比HS算法平均提高了5.16％,处理器数的增加和截断半径的优化提高其并行效率.
多細胞分子動力學算法是分子動力學模擬中普遍使用的併行算法.因為利用不同作用路徑的多細胞分子動力學算法的消息傳遞次數彼此不同,利用作用路徑能夠優化消息傳遞次數.優化消息傳遞次數是一種設計高效併行算法的方法.因此,本文研究十六箇不同的作用路徑,推導齣十六箇錶示消息傳遞次數的數學模型,併在高性能通信和負載平衡方麵決定十六箇模型中最好的.實驗結果錶明模型的平均正確率是99.1391％,它的一箇時間步驟的併行效率比HS算法平均提高瞭5.16％,處理器數的增加和截斷半徑的優化提高其併行效率.
다세포분자동역학산법시분자동역학모의중보편사용적병행산법.인위이용불동작용로경적다세포분자동역학산법적소식전체차수피차불동,이용작용로경능구우화소식전체차수.우화소식전체차수시일충설계고효병행산법적방법.인차,본문연구십륙개불동적작용로경,추도출십륙개표시소식전체차수적수학모형,병재고성능통신화부재평형방면결정십륙개모형중최호적.실험결과표명모형적평균정학솔시99.1391％,타적일개시간보취적병행효솔비HS산법평균제고료5.16％,처리기수적증가화절단반경적우화제고기병행효솔.
