CAJ | 학술논문

为明确海蓬子EST序列中SSR的总体特征,开发海蓬子EST-SSR引物,从NCBI网站下载海蓬子及其近缘植物EST序列,利用Cross match等软件过滤掉载体序列、polyA/T和过短或过长的低质量序列,经CAP3软件拼接后获得非冗余EST,然后用在线软件SSRIT从这些序列中查找SSR,采用primer5.0软件设计SSR引物,并进行PCR扩增,对引物适用性进行评价.结果表明,截止2013年5月,NCBI数据库共有海蓬子相关EST序列1 439条,经软件处理后获得无冗余EST序列1 139条,总长542 084 bp,从这些序列中搜索到210个SSR,分布于167条EST中,出现频率为14.66％.SSR平均分布距离为2.58 kb,平均长度为14.56 bp;三核苷酸重复是主导类型,占EST-SSRs总数的40.95％,其次为四核苷酸和五核苷酸重复,分别占29.52％和13.33％;二核苷酸占11.90％,六核苷酸最少,仅占4.29％.在所有类型的重复基元中,ACT/AGT类型最多,占10.95％,其次为AAT/ATT和ACG/CGT,分别占8.10％和6.67％.随机挑选了30个SSR位点,根据其两侧保守序列,设计并合成了相应的EST-SSR引物,对海蓬子DNA进行PCR检测分析,结果有14对引物获得了清晰的条带,进一步将其中的5对引物对10个样本小群体进行了验证,结果显示有较好的多态性.该研究结果表明海蓬子EST序列中含有高频率的SSR位点,EST-SSR标记开发效率较高,为进一步开展海蓬子分子标记研究提供了一批适用的EST-SSR引物.
위명학해봉자EST서렬중SSR적총체특정,개발해봉자EST-SSR인물,종NCBI망참하재해봉자급기근연식물EST서렬,이용Cross match등연건과려도재체서렬、polyA/T화과단혹과장적저질량서렬,경CAP3연건병접후획득비용여EST,연후용재선연건SSRIT종저사서렬중사조SSR,채용primer5.0연건설계SSR인물,병진행PCR확증,대인물괄용성진행평개.결과표명,절지2013년5월,NCBI수거고공유해봉자상관EST서렬1 439조,경연건처리후획득무용여EST서렬1 139조,총장542 084 bp,종저사서렬중수색도210개SSR,분포우167조EST중,출현빈솔위14.66％.SSR평균분포거리위2.58 kb,평균장도위14.56 bp;삼핵감산중복시주도류형,점EST-SSRs총수적40.95％,기차위사핵감산화오핵감산중복,분별점29.52％화13.33％;이핵감산점11.90％,륙핵감산최소,부점4.29％.재소유류형적중복기원중,ACT/AGT류형최다,점10.95％,기차위AAT/ATT화ACG/CGT,분별점8.10％화6.67％.수궤도선료30개SSR위점,근거기량측보수서렬,설계병합성료상응적EST-SSR인물,대해봉자DNA진행PCR검측분석,결과유14대인물획득료청석적조대,진일보장기중적5대인물대10개양본소군체진행료험증,결과현시유교호적다태성.해연구결과표명해봉자EST서렬중함유고빈솔적SSR위점,EST-SSR표기개발효솔교고,위진일보개전해봉자분자표기연구제공료일비괄용적EST-SSR인물.