江苏农业学报
江囌農業學報
강소농업학보
JIANGSU JOURNAL OF AGRICULTURAL SCIENCES
2013年
6期
1248-1253
,共6页
吕远大%李坦%张晓林%赵涵
呂遠大%李坦%張曉林%趙涵
려원대%리탄%장효림%조함
长链非编码RNA (LncRNA)%高通量RNA测序%生物信息学%玉米
長鏈非編碼RNA (LncRNA)%高通量RNA測序%生物信息學%玉米
장련비편마RNA (LncRNA)%고통량RNA측서%생물신식학%옥미
long non-coding RNA%high throughput RNA-Seq%bioinformatics%maize
非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不具备编码蛋白质能力的RNA.其中,一类长度大于200 nt的长链非编码RNA (Long noncoding RNA,LncRNA)因其在多层面对基因表达存在调控作用而逐渐成为研究热点.但是由于缺乏有效、准确的预测手段,植物中LncRNA研究相对滞后.本研究结合植物基因组特点以及高通量RNA测序数据,通过生物信息学手段发展、优化了一套基于RNA-Seq数据的植物LncRNA筛选及鉴定方法.随后,利用玉米B73顶端分生组织RNA-Seq数据,预测了6 122条玉米LncRNA,并对其进行了全基因组物理定位.该方法为LncRNA鉴定和后续的功能分析提供了重要的基础.
非編碼RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不具備編碼蛋白質能力的RNA.其中,一類長度大于200 nt的長鏈非編碼RNA (Long noncoding RNA,LncRNA)因其在多層麵對基因錶達存在調控作用而逐漸成為研究熱點.但是由于缺乏有效、準確的預測手段,植物中LncRNA研究相對滯後.本研究結閤植物基因組特點以及高通量RNA測序數據,通過生物信息學手段髮展、優化瞭一套基于RNA-Seq數據的植物LncRNA篩選及鑒定方法.隨後,利用玉米B73頂耑分生組織RNA-Seq數據,預測瞭6 122條玉米LncRNA,併對其進行瞭全基因組物理定位.該方法為LncRNA鑒定和後續的功能分析提供瞭重要的基礎.
비편마RNA(noncoding RNA,ncRNA)시지불구비편마단백질능력적RNA.기중,일류장도대우200 nt적장련비편마RNA (Long noncoding RNA,LncRNA)인기재다층면대기인표체존재조공작용이축점성위연구열점.단시유우결핍유효、준학적예측수단,식물중LncRNA연구상대체후.본연구결합식물기인조특점이급고통량RNA측서수거,통과생물신식학수단발전、우화료일투기우RNA-Seq수거적식물LncRNA사선급감정방법.수후,이용옥미B73정단분생조직RNA-Seq수거,예측료6 122조옥미LncRNA,병대기진행료전기인조물리정위.해방법위LncRNA감정화후속적공능분석제공료중요적기출.
