湖北农业科学
湖北農業科學
호북농업과학
2013年
24期
6178-6181
,共4页
严伟%王婧%丁华%周有祥%赵明明%胡定金
嚴偉%王婧%丁華%週有祥%趙明明%鬍定金
엄위%왕청%정화%주유상%조명명%호정금
茶树(Camellia sinensis)%EST-SSR%分布特征
茶樹(Camellia sinensis)%EST-SSR%分佈特徵
다수(Camellia sinensis)%EST-SSR%분포특정
tea tree(Camellia sinensis)%EST-SSR%distribution
从NCBI数据库中获得47 913条茶树(Camellia sinensis)EST序列,通过Cd-hit-est除去冗余序列后得到26 185条非冗余序列,利用Misa软件分析后共发现8 244个微卫星标记分布于6 283条EST序列中,平均相隔1.52 kb出现1个SSR,EST-SSR序列出现频率为23.99％.其中,单、二和三核苷酸重复为主导类型,占EST-SSR总数的97.83％.A/T、AG/CT和AAG/CTT作为单、二和三核苷酸的优势重复基元,分别占所属类型的92.99％、85.11％和26.99％.利用Primer 5.0软件,设计了76对引物进行多态性检测,发现其中59对引物可以扩增出明显的条带,34对引物具有多态性,多态性比率高达57.63％,表明茶树EST-SSR中的多态性位点比较丰富,比较适合进行大规模的EST-SSR多态性标记的筛选.
從NCBI數據庫中穫得47 913條茶樹(Camellia sinensis)EST序列,通過Cd-hit-est除去冗餘序列後得到26 185條非冗餘序列,利用Misa軟件分析後共髮現8 244箇微衛星標記分佈于6 283條EST序列中,平均相隔1.52 kb齣現1箇SSR,EST-SSR序列齣現頻率為23.99％.其中,單、二和三覈苷痠重複為主導類型,佔EST-SSR總數的97.83％.A/T、AG/CT和AAG/CTT作為單、二和三覈苷痠的優勢重複基元,分彆佔所屬類型的92.99％、85.11％和26.99％.利用Primer 5.0軟件,設計瞭76對引物進行多態性檢測,髮現其中59對引物可以擴增齣明顯的條帶,34對引物具有多態性,多態性比率高達57.63％,錶明茶樹EST-SSR中的多態性位點比較豐富,比較適閤進行大規模的EST-SSR多態性標記的篩選.
종NCBI수거고중획득47 913조다수(Camellia sinensis)EST서렬,통과Cd-hit-est제거용여서렬후득도26 185조비용여서렬,이용Misa연건분석후공발현8 244개미위성표기분포우6 283조EST서렬중,평균상격1.52 kb출현1개SSR,EST-SSR서렬출현빈솔위23.99％.기중,단、이화삼핵감산중복위주도류형,점EST-SSR총수적97.83％.A/T、AG/CT화AAG/CTT작위단、이화삼핵감산적우세중복기원,분별점소속류형적92.99％、85.11％화26.99％.이용Primer 5.0연건,설계료76대인물진행다태성검측,발현기중59대인물가이확증출명현적조대,34대인물구유다태성,다태성비솔고체57.63％,표명다수EST-SSR중적다태성위점비교봉부,비교괄합진행대규모적EST-SSR다태성표기적사선.
