中国生物医学工程学报
中國生物醫學工程學報
중국생물의학공정학보
CHINESE JOURNAL OF BIOMEDICAL ENGINEERING
2012年
6期
875-881
,共7页
微阵列基因表达数据%非负矩阵分解%阿尔茨海默病
微陣列基因錶達數據%非負矩陣分解%阿爾茨海默病
미진렬기인표체수거%비부구진분해%아이자해묵병
基因之间存在多种多样的表达调控活动,一般认为这些调控关系隐含在基因表达谱中.针对阿尔茨海默症(AD)起病隐匿、诊断难、发病机理复杂以及基因信号传导通路和调控关系难以重建等特征,利用非平滑非负矩阵分解(nsNMF)方法提取AD致病基因,聚类过程中利用共表型相关性系数(CCC)选取聚类数k的值,得到最优的聚类数目.针对基因表达数据噪声高、信息变量隐藏难分析的困难,考虑AD的发生发展与许多大脑功能区域密切相关的特性,提出将nsNMF分别应用于AD患者的大脑海马区、内嗅区皮质、颞中回及视觉皮层区的基因表达数据中,共提取3800个显著基因,其中包括确定与AD致病机理有关联的10个致病基因,并进行了生物学分析,得到了AD相关的细胞凋亡、代谢及炎症反应等生物过程,显示nsNMF方法及大脑多区域数据集的联合分析能更全面地探寻AD信号传导关系及基因调控方式.
基因之間存在多種多樣的錶達調控活動,一般認為這些調控關繫隱含在基因錶達譜中.針對阿爾茨海默癥(AD)起病隱匿、診斷難、髮病機理複雜以及基因信號傳導通路和調控關繫難以重建等特徵,利用非平滑非負矩陣分解(nsNMF)方法提取AD緻病基因,聚類過程中利用共錶型相關性繫數(CCC)選取聚類數k的值,得到最優的聚類數目.針對基因錶達數據譟聲高、信息變量隱藏難分析的睏難,攷慮AD的髮生髮展與許多大腦功能區域密切相關的特性,提齣將nsNMF分彆應用于AD患者的大腦海馬區、內嗅區皮質、顳中迴及視覺皮層區的基因錶達數據中,共提取3800箇顯著基因,其中包括確定與AD緻病機理有關聯的10箇緻病基因,併進行瞭生物學分析,得到瞭AD相關的細胞凋亡、代謝及炎癥反應等生物過程,顯示nsNMF方法及大腦多區域數據集的聯閤分析能更全麵地探尋AD信號傳導關繫及基因調控方式.
기인지간존재다충다양적표체조공활동,일반인위저사조공관계은함재기인표체보중.침대아이자해묵증(AD)기병은닉、진단난、발병궤리복잡이급기인신호전도통로화조공관계난이중건등특정,이용비평활비부구진분해(nsNMF)방법제취AD치병기인,취류과정중이용공표형상관성계수(CCC)선취취류수k적치,득도최우적취류수목.침대기인표체수거조성고、신식변량은장난분석적곤난,고필AD적발생발전여허다대뇌공능구역밀절상관적특성,제출장nsNMF분별응용우AD환자적대뇌해마구、내후구피질、섭중회급시각피층구적기인표체수거중,공제취3800개현저기인,기중포괄학정여AD치병궤리유관련적10개치병기인,병진행료생물학분석,득도료AD상관적세포조망、대사급염증반응등생물과정,현시nsNMF방법급대뇌다구역수거집적연합분석능경전면지탐심AD신호전도관계급기인조공방식.
