CAJ | 학술논문

为探讨大白菜基因组序列中SSR位点的分布规律并开发SSR引物,利用SSRHunter软件对大白菜A10(16899818～17299817)的DNA序列进行简单序列重复(SSR)位点查找,共得到394个SSRs,平均每1.02 kb出现1个SSR.二核苷酸和三核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占79.44％和18.78％.为了提高SSR标记开发的准确性和通用性,对检索得到的含SSR位点的序列进行了同源比对,选取符合条件的15条SSR序列并设计引物；依据Blast过程中发现的在SSR位点不存在差异而在其侧翼序列中存在插入/缺失(InDel)差异的序列,设计了19条InDel引物.用34对SSR及InDel引物在6个大白菜(Brassica rapa ssp.pekinesis)材料中进行多态性研究,发现28对引物能扩增出理想的PCR产物,有效扩增率为82.35％,其中27对引物具有多态性,多态性比率为79.41％.为验证SSR引物的真实性,随机对4对SSR引物的部分白菜扩增片段进行了测序,发现100％的片段具有相应的SSR位点.28对SSR和InDel引物在甘蓝(B.oleracea)、油菜(B.napus)和萝卜(Raphanus sativus)品种的有效扩增率分别为85.71％、100％和77.78％,说明新开发的SSR和InDel标记具有较好的多态性和通用性.利用6对引物分析了48份十字花科种质的遗传多样性,结果表明48份材料被明显地区分成白菜和甘蓝组、萝卜组、油菜组3大类群,与传统分类一致.大白菜SSR和InDel标记的开发对于十字花科种质亲缘关系及遗传多样性分析具有重要的应用价值.
위탐토대백채기인조서렬중SSR위점적분포규률병개발SSR인물,이용SSRHunter연건대대백채A10(16899818～17299817)적DNA서렬진행간단서렬중복(SSR)위점사조,공득도394개SSRs,평균매1.02 kb출현1개SSR.이핵감산화삼핵감산중복시최주요적SSR류형,분별점79.44％화18.78％.위료제고SSR표기개발적준학성화통용성,대검색득도적함SSR위점적서렬진행료동원비대,선취부합조건적15조SSR서렬병설계인물；의거Blast과정중발현적재SSR위점불존재차이이재기측익서렬중존재삽입/결실(InDel)차이적서렬,설계료19조InDel인물.용34대SSR급InDel인물재6개대백채(Brassica rapa ssp.pekinesis)재료중진행다태성연구,발현28대인물능확증출이상적PCR산물,유효확증솔위82.35％,기중27대인물구유다태성,다태성비솔위79.41％.위험증SSR인물적진실성,수궤대4대SSR인물적부분백채확증편단진행료측서,발현100％적편단구유상응적SSR위점.28대SSR화InDel인물재감람(B.oleracea)、유채(B.napus)화라복(Raphanus sativus)품충적유효확증솔분별위85.71％、100％화77.78％,설명신개발적SSR화InDel표기구유교호적다태성화통용성.이용6대인물분석료48빈십자화과충질적유전다양성,결과표명48빈재료피명현지구분성백채화감람조、라복조、유채조3대류군,여전통분류일치.대백채SSR화InDel표기적개발대우십자화과충질친연관계급유전다양성분석구유중요적응용개치.