计算机工程与设计
計算機工程與設計
계산궤공정여설계
COMPUTER ENGINEERING AND DESIGN
2014年
1期
297-302,314
,共7页
统一计算设备架构%RNA二级结构预测%并行算法%最小自由能%动态规划
統一計算設備架構%RNA二級結構預測%併行算法%最小自由能%動態規劃
통일계산설비가구%RNA이급결구예측%병행산법%최소자유능%동태규화
CUDA%RNA secondary structure prediction%parallel algorithms%minimum free energy%dynamic programming
为解决长链RNA二级结构预测面临的计算压力,分析了当前基于最小自由能预测RNA二级结构的相关串行、并行算法,提出了一种基于CUDA (compute unified device architecture)编程模型的并行加速算法.在实现时充分利用了支持CUDA编程模型的GPU (graphic processing unit)设备中的共享存储器、常量存储器等硬件,对RNA二级结构预测算法中的动态规划进行了有效的并行.实验结果表明,在支持CUDA编程模型的GPU上实现的并行程序,获得了与已有的串行、并行算法相同的准确度,同时运行速度更快.
為解決長鏈RNA二級結構預測麵臨的計算壓力,分析瞭噹前基于最小自由能預測RNA二級結構的相關串行、併行算法,提齣瞭一種基于CUDA (compute unified device architecture)編程模型的併行加速算法.在實現時充分利用瞭支持CUDA編程模型的GPU (graphic processing unit)設備中的共享存儲器、常量存儲器等硬件,對RNA二級結構預測算法中的動態規劃進行瞭有效的併行.實驗結果錶明,在支持CUDA編程模型的GPU上實現的併行程序,穫得瞭與已有的串行、併行算法相同的準確度,同時運行速度更快.
위해결장련RNA이급결구예측면림적계산압력,분석료당전기우최소자유능예측RNA이급결구적상관천행、병행산법,제출료일충기우CUDA (compute unified device architecture)편정모형적병행가속산법.재실현시충분이용료지지CUDA편정모형적GPU (graphic processing unit)설비중적공향존저기、상량존저기등경건,대RNA이급결구예측산법중적동태규화진행료유효적병행.실험결과표명,재지지CUDA편정모형적GPU상실현적병행정서,획득료여이유적천행、병행산법상동적준학도,동시운행속도경쾌.
