西北植物学报
西北植物學報
서북식물학보
ACTA BOTANICA BOREALI-OCCIDENTALIA SINICA
2013年
11期
2354-2360
,共7页
蒋爽%滕元文%宗宇%蔡丹英
蔣爽%滕元文%宗宇%蔡丹英
장상%등원문%종우%채단영
反转录转座子%长末端重复(LTR)%预测%功能%分子标记
反轉錄轉座子%長末耑重複(LTR)%預測%功能%分子標記
반전록전좌자%장말단중복(LTR)%예측%공능%분자표기
retrotransposons%long terminal repeat (LTR)%prediction%function%molecular markers
反转录转座子是真核生物基因组中普遍存在的一类可移动的遗传因子,它们以RNA为媒介,在基因组中不断自我复制.在高等植物中,反转录转座子是基因组的重要成分之一.反转录转座子可以分为5大类型,其中以长末端重复(LTR)类型报道较多.LTR类型由于其首尾具有长末端重复序列,内部含有PBS、PPT、GAG和POL开放阅读框、TSD等结构,可以采用生物信息学软件进行预测.LTR反转录转座子的活性受到自身甲基化和环境因素的影响,DNA甲基化抑制反转录转座子转座,而外界环境的刺激能够激活转座子,从而影响插入位点周边基因的表达.同时由于LTR反转录转座子在植物中普遍存在,丰富的拷贝数以及多态性为新型分子标记(RBIP、SSAP、IRAP、REMAP)的开发提供了良好的素材.该文对近年来国内外有关植物反转录转座子的类型、结构特征、LTR反转录转座子的活性及其影响因素、LTR反转录转座子的预测以及标记开发等方面的研究进展进行综述.
反轉錄轉座子是真覈生物基因組中普遍存在的一類可移動的遺傳因子,它們以RNA為媒介,在基因組中不斷自我複製.在高等植物中,反轉錄轉座子是基因組的重要成分之一.反轉錄轉座子可以分為5大類型,其中以長末耑重複(LTR)類型報道較多.LTR類型由于其首尾具有長末耑重複序列,內部含有PBS、PPT、GAG和POL開放閱讀框、TSD等結構,可以採用生物信息學軟件進行預測.LTR反轉錄轉座子的活性受到自身甲基化和環境因素的影響,DNA甲基化抑製反轉錄轉座子轉座,而外界環境的刺激能夠激活轉座子,從而影響插入位點週邊基因的錶達.同時由于LTR反轉錄轉座子在植物中普遍存在,豐富的拷貝數以及多態性為新型分子標記(RBIP、SSAP、IRAP、REMAP)的開髮提供瞭良好的素材.該文對近年來國內外有關植物反轉錄轉座子的類型、結構特徵、LTR反轉錄轉座子的活性及其影響因素、LTR反轉錄轉座子的預測以及標記開髮等方麵的研究進展進行綜述.
반전록전좌자시진핵생물기인조중보편존재적일류가이동적유전인자,타문이RNA위매개,재기인조중불단자아복제.재고등식물중,반전록전좌자시기인조적중요성분지일.반전록전좌자가이분위5대류형,기중이장말단중복(LTR)류형보도교다.LTR류형유우기수미구유장말단중복서렬,내부함유PBS、PPT、GAG화POL개방열독광、TSD등결구,가이채용생물신식학연건진행예측.LTR반전록전좌자적활성수도자신갑기화화배경인소적영향,DNA갑기화억제반전록전좌자전좌,이외계배경적자격능구격활전좌자,종이영향삽입위점주변기인적표체.동시유우LTR반전록전좌자재식물중보편존재,봉부적고패수이급다태성위신형분자표기(RBIP、SSAP、IRAP、REMAP)적개발제공료량호적소재.해문대근년래국내외유관식물반전록전좌자적류형、결구특정、LTR반전록전좌자적활성급기영향인소、LTR반전록전좌자적예측이급표기개발등방면적연구진전진행종술.
