石河子大学学报（自然科学版）
石河子大學學報（自然科學版）
석하자대학학보（자연과학판）
JOURNAL OF SHIHEZI UNIVERSITY (NATURAL SCIENCE)
2013年
4期
436-442
,共7页
王国超%刘昱成%乔军%孟庆玲%杨海波%贺志昊%彭叶龙%谢堃%陈创夫
王國超%劉昱成%喬軍%孟慶玲%楊海波%賀誌昊%彭葉龍%謝堃%陳創伕
왕국초%류욱성%교군%맹경령%양해파%하지호%팽협룡%사곤%진창부
犬细小病毒%密码子%偏爱性
犬細小病毒%密碼子%偏愛性
견세소병독%밀마자%편애성
canine parvovirus%codon%preference
犬细小病毒是一种对犬科动物危害严重的DNA病毒,为了解其主要蛋白的密码子使用特点,本文运用EM-BOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)的CHIPS和CUSP程序、CodonW在线软件对CPV全基因组及3种主要蛋白基因的有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3)进行分析.结果显示:CPV基因组、NS1、VP1、VP2基因的Nc值分别为36.46、37.86、35.05和32.87,表明CPV对同义密码子的使用具有明显的偏爱性;对第3位核苷酸为A和T的密码子表现出明显的偏爱性;GC含量普遍偏低(均小于40％).进一步分析发现CPV的3种主要蛋白基因与大肠杆菌、人密码子偏爱性差异较大,与酵母密码子偏爱性差异较小,提示表达系统选择酵母较为合适.
犬細小病毒是一種對犬科動物危害嚴重的DNA病毒,為瞭解其主要蛋白的密碼子使用特點,本文運用EM-BOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)的CHIPS和CUSP程序、CodonW在線軟件對CPV全基因組及3種主要蛋白基因的有效密碼子數(ENc)、相對同義密碼子使用度(RSCU)、堿基含量(GCall、GC1、GC2、GC3)進行分析.結果顯示:CPV基因組、NS1、VP1、VP2基因的Nc值分彆為36.46、37.86、35.05和32.87,錶明CPV對同義密碼子的使用具有明顯的偏愛性;對第3位覈苷痠為A和T的密碼子錶現齣明顯的偏愛性;GC含量普遍偏低(均小于40％).進一步分析髮現CPV的3種主要蛋白基因與大腸桿菌、人密碼子偏愛性差異較大,與酵母密碼子偏愛性差異較小,提示錶達繫統選擇酵母較為閤適.
견세소병독시일충대견과동물위해엄중적DNA병독,위료해기주요단백적밀마자사용특점,본문운용EM-BOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)적CHIPS화CUSP정서、CodonW재선연건대CPV전기인조급3충주요단백기인적유효밀마자수(ENc)、상대동의밀마자사용도(RSCU)、감기함량(GCall、GC1、GC2、GC3)진행분석.결과현시:CPV기인조、NS1、VP1、VP2기인적Nc치분별위36.46、37.86、35.05화32.87,표명CPV대동의밀마자적사용구유명현적편애성;대제3위핵감산위A화T적밀마자표현출명현적편애성;GC함량보편편저(균소우40％).진일보분석발현CPV적3충주요단백기인여대장간균、인밀마자편애성차이교대,여효모밀마자편애성차이교소,제시표체계통선택효모교위합괄.
