畜牧兽医学报
畜牧獸醫學報
축목수의학보
2013年
9期
1355-1362
,共8页
周伟%刘冉冉%郑麦青%文杰%赵桂苹%陈国宏%常国斌%张磊%孙艳发
週偉%劉冉冉%鄭麥青%文傑%趙桂蘋%陳國宏%常國斌%張磊%孫豔髮
주위%류염염%정맥청%문걸%조계평%진국굉%상국빈%장뢰%손염발
鸡%16号染色体%CNV%单倍型和双倍型%血清IgG
鷄%16號染色體%CNV%單倍型和雙倍型%血清IgG
계%16호염색체%CNV%단배형화쌍배형%혈청IgG
chicken%GGA16%CNV%haplotypes and diplotypes%IgG
旨在探讨鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异(Copy number variation,CNV)对血清IgG含量的影响.采用鸡60 K SNP芯片对995只北京油鸡进行分型,同时测定80日龄IgG含量.分别采用PennCNV、Haplo-view 4.1和PHASE 2.0软件对拷贝数变异、连锁不平衡、单倍型分析及与IgG的关联分析.结果发现,该区域存在2个单倍型块和2个拷贝数变异区.Block1(59 984～73 717 bp)单倍型分析发现3种单倍型和6种双倍型,其中双倍型H1H2血清中IgG含量是H3H3的1.45倍(P＜0.05);Block2(102 256～138 076 bp)内发现9种单倍型和9种常见双倍型,不同型之间差异不显著(P＞0.05).CNV1(6 471～59 984 bp)是稀有型拷贝数变异区;CNV2(201 882～299 166 bp)缺失型IgG含量是增加型的1.25倍(P＜0.05).分析挑选出8个与IgG抗体含量相关的SNP位点,结果发现Gga_rs16057310、Gga_rs15788237及Gga_rs15788101不同基因型之间差异显著(P＜0.05).结果表明:Block1和拷贝数变异CNV2(201 882～299 166 bp)及SNP位点Gga_rs16057310、Gga_rs15788237、Gga_rs15788101对IgG含量有显著影响,位于这些区域附近含有CD1b、TRIM27、ZNF692及MHC与免疫机能相关的重要基因.
旨在探討鷄16號染色體SNP單倍型和拷貝數變異(Copy number variation,CNV)對血清IgG含量的影響.採用鷄60 K SNP芯片對995隻北京油鷄進行分型,同時測定80日齡IgG含量.分彆採用PennCNV、Haplo-view 4.1和PHASE 2.0軟件對拷貝數變異、連鎖不平衡、單倍型分析及與IgG的關聯分析.結果髮現,該區域存在2箇單倍型塊和2箇拷貝數變異區.Block1(59 984～73 717 bp)單倍型分析髮現3種單倍型和6種雙倍型,其中雙倍型H1H2血清中IgG含量是H3H3的1.45倍(P＜0.05);Block2(102 256～138 076 bp)內髮現9種單倍型和9種常見雙倍型,不同型之間差異不顯著(P＞0.05).CNV1(6 471～59 984 bp)是稀有型拷貝數變異區;CNV2(201 882～299 166 bp)缺失型IgG含量是增加型的1.25倍(P＜0.05).分析挑選齣8箇與IgG抗體含量相關的SNP位點,結果髮現Gga_rs16057310、Gga_rs15788237及Gga_rs15788101不同基因型之間差異顯著(P＜0.05).結果錶明:Block1和拷貝數變異CNV2(201 882～299 166 bp)及SNP位點Gga_rs16057310、Gga_rs15788237、Gga_rs15788101對IgG含量有顯著影響,位于這些區域附近含有CD1b、TRIM27、ZNF692及MHC與免疫機能相關的重要基因.
지재탐토계16호염색체SNP단배형화고패수변이(Copy number variation,CNV)대혈청IgG함량적영향.채용계60 K SNP심편대995지북경유계진행분형,동시측정80일령IgG함량.분별채용PennCNV、Haplo-view 4.1화PHASE 2.0연건대고패수변이、련쇄불평형、단배형분석급여IgG적관련분석.결과발현,해구역존재2개단배형괴화2개고패수변이구.Block1(59 984～73 717 bp)단배형분석발현3충단배형화6충쌍배형,기중쌍배형H1H2혈청중IgG함량시H3H3적1.45배(P＜0.05);Block2(102 256～138 076 bp)내발현9충단배형화9충상견쌍배형,불동형지간차이불현저(P＞0.05).CNV1(6 471～59 984 bp)시희유형고패수변이구;CNV2(201 882～299 166 bp)결실형IgG함량시증가형적1.25배(P＜0.05).분석도선출8개여IgG항체함량상관적SNP위점,결과발현Gga_rs16057310、Gga_rs15788237급Gga_rs15788101불동기인형지간차이현저(P＜0.05).결과표명:Block1화고패수변이CNV2(201 882～299 166 bp)급SNP위점Gga_rs16057310、Gga_rs15788237、Gga_rs15788101대IgG함량유현저영향,위우저사구역부근함유CD1b、TRIM27、ZNF692급MHC여면역궤능상관적중요기인.
