林业科学
林業科學
임업과학
SCIENTIA SILVAE SINICAE
2013年
11期
67-76
,共10页
巩琛锐%王璐%杜庆章%张德强
鞏琛銳%王璐%杜慶章%張德彊
공침예%왕로%두경장%장덕강
毛白杨%S-腺苷高半胱氨酸水解酶%单核苷酸多态性%连锁不平衡%木材品质性状
毛白楊%S-腺苷高半胱氨痠水解酶%單覈苷痠多態性%連鎖不平衡%木材品質性狀
모백양%S-선감고반광안산수해매%단핵감산다태성%련쇄불평형%목재품질성상
Populus tomentosa%S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (SAHH)%single nucleotide polymorphisms%linkage disequilibrium (LD)%wood property
组合运用分子生物学及生物信息学方法,首次从毛白杨成熟木质部中分离出编码S-腺苷高半胱氨酸水解酶基因PtSAHHA的cDNA克隆.序列分析表明,毛白杨PtSAHHA cDNA片段全长为1 935 bp,其内部含有大小为1 458 bp的完整开放阅读框架,可编码含有485个氨基酸残基的蛋白质.组织特异性Realtime-PCR结果显示,PtSAHHA在木质部中表达丰度最高,在形成层和老叶中表达丰度中等,在嫩叶中表达丰度最低.在此基础上,组合利用MAGE5.0和DnaSP5软件对毛白杨自然群体中45株基因型个体的PtSAHHA序列进行对比和分析,共检测到166个单核苷酸多态性(SNP)位点,SNP频率为1/15 bp,多样性指数πT为0.010 58.在外显子区域共检测到88个SNP位点,其中同义突变位点34个,错义突变位点53个及1个无义突变位点;同义突变的核苷酸多样性πSynonymous=0.024 91,是非同义突变核苷酸多样性πNonsynonymous=0.002 33的10倍,推测毛白杨PtSAHHA基因编码区在毛白杨物种演化过程中受到较强的纯化选择压力.对PtSA HHA基因内的SNPs连锁不平衡分析结果表明,随着核苷酸序列长度增加至800 bp,即r2＜ 0.1,SNPs的连锁不平衡水平已衰退至不明显.在此基础上,在由426株毛白杨基因型个体组成的关联作图群体内,对频率大于10％的42个常见SNP标记位点与6个木材品质性状进行关联分析,检测到3个SNP标记与3个表型性状显著关联.研究结果为基于分子标记的毛白杨优良木材品质性状定向辅助育种提供理论依据.
組閤運用分子生物學及生物信息學方法,首次從毛白楊成熟木質部中分離齣編碼S-腺苷高半胱氨痠水解酶基因PtSAHHA的cDNA剋隆.序列分析錶明,毛白楊PtSAHHA cDNA片段全長為1 935 bp,其內部含有大小為1 458 bp的完整開放閱讀框架,可編碼含有485箇氨基痠殘基的蛋白質.組織特異性Realtime-PCR結果顯示,PtSAHHA在木質部中錶達豐度最高,在形成層和老葉中錶達豐度中等,在嫩葉中錶達豐度最低.在此基礎上,組閤利用MAGE5.0和DnaSP5軟件對毛白楊自然群體中45株基因型箇體的PtSAHHA序列進行對比和分析,共檢測到166箇單覈苷痠多態性(SNP)位點,SNP頻率為1/15 bp,多樣性指數πT為0.010 58.在外顯子區域共檢測到88箇SNP位點,其中同義突變位點34箇,錯義突變位點53箇及1箇無義突變位點;同義突變的覈苷痠多樣性πSynonymous=0.024 91,是非同義突變覈苷痠多樣性πNonsynonymous=0.002 33的10倍,推測毛白楊PtSAHHA基因編碼區在毛白楊物種縯化過程中受到較彊的純化選擇壓力.對PtSA HHA基因內的SNPs連鎖不平衡分析結果錶明,隨著覈苷痠序列長度增加至800 bp,即r2＜ 0.1,SNPs的連鎖不平衡水平已衰退至不明顯.在此基礎上,在由426株毛白楊基因型箇體組成的關聯作圖群體內,對頻率大于10％的42箇常見SNP標記位點與6箇木材品質性狀進行關聯分析,檢測到3箇SNP標記與3箇錶型性狀顯著關聯.研究結果為基于分子標記的毛白楊優良木材品質性狀定嚮輔助育種提供理論依據.
조합운용분자생물학급생물신식학방법,수차종모백양성숙목질부중분리출편마S-선감고반광안산수해매기인PtSAHHA적cDNA극륭.서렬분석표명,모백양PtSAHHA cDNA편단전장위1 935 bp,기내부함유대소위1 458 bp적완정개방열독광가,가편마함유485개안기산잔기적단백질.조직특이성Realtime-PCR결과현시,PtSAHHA재목질부중표체봉도최고,재형성층화로협중표체봉도중등,재눈협중표체봉도최저.재차기출상,조합이용MAGE5.0화DnaSP5연건대모백양자연군체중45주기인형개체적PtSAHHA서렬진행대비화분석,공검측도166개단핵감산다태성(SNP)위점,SNP빈솔위1/15 bp,다양성지수πT위0.010 58.재외현자구역공검측도88개SNP위점,기중동의돌변위점34개,착의돌변위점53개급1개무의돌변위점;동의돌변적핵감산다양성πSynonymous=0.024 91,시비동의돌변핵감산다양성πNonsynonymous=0.002 33적10배,추측모백양PtSAHHA기인편마구재모백양물충연화과정중수도교강적순화선택압력.대PtSA HHA기인내적SNPs련쇄불평형분석결과표명,수착핵감산서렬장도증가지800 bp,즉r2＜ 0.1,SNPs적련쇄불평형수평이쇠퇴지불명현.재차기출상,재유426주모백양기인형개체조성적관련작도군체내,대빈솔대우10％적42개상견SNP표기위점여6개목재품질성상진행관련분석,검측도3개SNP표기여3개표형성상현저관련.연구결과위기우분자표기적모백양우량목재품질성상정향보조육충제공이론의거.
