计算机应用
計算機應用
계산궤응용
COMPUTER APPLICATION
2013年
12期
3321-3325
,共5页
马进%谢江%戴东波%谭军%张武
馬進%謝江%戴東波%譚軍%張武
마진%사강%대동파%담군%장무
生物分子网络比对%自适应%混合算法%并行化
生物分子網絡比對%自適應%混閤算法%併行化
생물분자망락비대%자괄응%혼합산법%병행화
biomolecular networks alignment%adaptive%hybrid algorithm%parallelism
生物分子网络比对是生物信息学中一个重要领域,是研究生物现象和生命机理的有效手段,而自适应匈牙利贪心混合算法(AHGA)是其中一个有效的生物分子网络比对算法.但是生物分子网络数据的规模都比较大,而且由于其拥有生物背景,生物分子网络数据具有一些特殊性.为了能够在可以接受的时间范围内获得大规模生物分子网络的比对结果,使用MPI和统一计算架构(CUDA)对自适应混合算法进行了并行化,在比对中充分考虑生物分子网络的生物学意义,对两种方式进行了对比分析,以寻找更合适生物分子网络的比对方法.
生物分子網絡比對是生物信息學中一箇重要領域,是研究生物現象和生命機理的有效手段,而自適應匈牙利貪心混閤算法(AHGA)是其中一箇有效的生物分子網絡比對算法.但是生物分子網絡數據的規模都比較大,而且由于其擁有生物揹景,生物分子網絡數據具有一些特殊性.為瞭能夠在可以接受的時間範圍內穫得大規模生物分子網絡的比對結果,使用MPI和統一計算架構(CUDA)對自適應混閤算法進行瞭併行化,在比對中充分攷慮生物分子網絡的生物學意義,對兩種方式進行瞭對比分析,以尋找更閤適生物分子網絡的比對方法.
생물분자망락비대시생물신식학중일개중요영역,시연구생물현상화생명궤리적유효수단,이자괄응흉아리탐심혼합산법(AHGA)시기중일개유효적생물분자망락비대산법.단시생물분자망락수거적규모도비교대,이차유우기옹유생물배경,생물분자망락수거구유일사특수성.위료능구재가이접수적시간범위내획득대규모생물분자망락적비대결과,사용MPI화통일계산가구(CUDA)대자괄응혼합산법진행료병행화,재비대중충분고필생물분자망락적생물학의의,대량충방식진행료대비분석,이심조경합괄생물분자망락적비대방법.
