上海大学学报（自然科学版）
上海大學學報（自然科學版）
상해대학학보（자연과학판）
JOURNAL OF SHANGHAI UNIVERSITY (NATURAL SCIENCE EDITION)
2013年
1期
21-25
,共5页
谢江%王旻超%易荣贵%夏上云%张武
謝江%王旻超%易榮貴%夏上雲%張武
사강%왕민초%역영귀%하상운%장무
生物信息学%问题求解环境%云计算
生物信息學%問題求解環境%雲計算
생물신식학%문제구해배경%운계산
生物信息学是结合计算机技术解决生物问题,利用计算机能力加速生物研究的交叉性学科.问题求解环境(problem solving environment,PSE)是一类面向科学问题求解的计算平台,研究人员通过使用PSE可以高效地参与和开展科学研究.由于生物数据规模通常很大,而这些数据随着生物技术的发展仍在不断地增加,因此,传统的单机单系统PSE已无法满足生物计算需求.介绍上海大学计算机工程与科学学院高性能计算研究所生物信息学研究团队将云计算技术与PSE相结合,实现基于云环境的问题求解环境CPSE-Bio,并对其中2个代表性模块,即PPI(protein-protein interaction)多数据库网络查询(multi-database retrieval technology,MDRT)模块和蛋白质挖掘(protein mining,PM)模块,进行性能分析和比较.
生物信息學是結閤計算機技術解決生物問題,利用計算機能力加速生物研究的交扠性學科.問題求解環境(problem solving environment,PSE)是一類麵嚮科學問題求解的計算平檯,研究人員通過使用PSE可以高效地參與和開展科學研究.由于生物數據規模通常很大,而這些數據隨著生物技術的髮展仍在不斷地增加,因此,傳統的單機單繫統PSE已無法滿足生物計算需求.介紹上海大學計算機工程與科學學院高性能計算研究所生物信息學研究糰隊將雲計算技術與PSE相結閤,實現基于雲環境的問題求解環境CPSE-Bio,併對其中2箇代錶性模塊,即PPI(protein-protein interaction)多數據庫網絡查詢(multi-database retrieval technology,MDRT)模塊和蛋白質挖掘(protein mining,PM)模塊,進行性能分析和比較.
생물신식학시결합계산궤기술해결생물문제,이용계산궤능력가속생물연구적교차성학과.문제구해배경(problem solving environment,PSE)시일류면향과학문제구해적계산평태,연구인원통과사용PSE가이고효지삼여화개전과학연구.유우생물수거규모통상흔대,이저사수거수착생물기술적발전잉재불단지증가,인차,전통적단궤단계통PSE이무법만족생물계산수구.개소상해대학계산궤공정여과학학원고성능계산연구소생물신식학연구단대장운계산기술여PSE상결합,실현기우운배경적문제구해배경CPSE-Bio,병대기중2개대표성모괴,즉PPI(protein-protein interaction)다수거고망락사순(multi-database retrieval technology,MDRT)모괴화단백질알굴(protein mining,PM)모괴,진행성능분석화비교.
