生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2013年
4期
300-308
,共9页
纤维二糖水解酶Ⅰ(CBHI)%系统进化%序列比对
纖維二糖水解酶Ⅰ(CBHI)%繫統進化%序列比對
섬유이당수해매Ⅰ(CBHI)%계통진화%서렬비대
Cellobiohydrolase Ⅰ (CBHI)%Phyletic Evolution%Sequence Alignment
纤维二糖水解酶Ⅰ(CBH Ⅰ)是生物降解纤维素的一种重要的外切酶,它作用于纤维素分子末端,水解β-1,4-糖苷键.纤维二糖水解酶由3个部分组成:具有催化活性的催化结构域,作用为锚定纤维素的纤维素结合域以及连接这两个结构域的一段短肽.已知催化结构域属于糖基水解酶家族7(GH7),纤维素结合域属于糖类结合模块家族Ⅰ(CBM1).为进一步探索CBHI编码基因之间的进化关系,本研究依据CBHI的结构域在GenBank数据库中搜索并鉴定CBHI编码基因并据此构建系统发育树.序列的平均长度为1 776 bp,平均GC含量为57.64％,平均转换颠换比为0.71,平均遗传距离为0.424.得出结论CBHI编码基因只存在于真菌中,是一个相对活跃的基因,它的进化与物种的进化有着密切的关系.
纖維二糖水解酶Ⅰ(CBH Ⅰ)是生物降解纖維素的一種重要的外切酶,它作用于纖維素分子末耑,水解β-1,4-糖苷鍵.纖維二糖水解酶由3箇部分組成:具有催化活性的催化結構域,作用為錨定纖維素的纖維素結閤域以及連接這兩箇結構域的一段短肽.已知催化結構域屬于糖基水解酶傢族7(GH7),纖維素結閤域屬于糖類結閤模塊傢族Ⅰ(CBM1).為進一步探索CBHI編碼基因之間的進化關繫,本研究依據CBHI的結構域在GenBank數據庫中搜索併鑒定CBHI編碼基因併據此構建繫統髮育樹.序列的平均長度為1 776 bp,平均GC含量為57.64％,平均轉換顛換比為0.71,平均遺傳距離為0.424.得齣結論CBHI編碼基因隻存在于真菌中,是一箇相對活躍的基因,它的進化與物種的進化有著密切的關繫.
섬유이당수해매Ⅰ(CBH Ⅰ)시생물강해섬유소적일충중요적외절매,타작용우섬유소분자말단,수해β-1,4-당감건.섬유이당수해매유3개부분조성:구유최화활성적최화결구역,작용위묘정섬유소적섬유소결합역이급련접저량개결구역적일단단태.이지최화결구역속우당기수해매가족7(GH7),섬유소결합역속우당류결합모괴가족Ⅰ(CBM1).위진일보탐색CBHI편마기인지간적진화관계,본연구의거CBHI적결구역재GenBank수거고중수색병감정CBHI편마기인병거차구건계통발육수.서렬적평균장도위1 776 bp,평균GC함량위57.64％,평균전환전환비위0.71,평균유전거리위0.424.득출결론CBHI편마기인지존재우진균중,시일개상대활약적기인,타적진화여물충적진화유착밀절적관계.
