计算机工程与科学
計算機工程與科學
계산궤공정여과학
COMPUTER ENGINEERING & SCIENCE
2013年
2期
26-31
,共6页
焦善飞%何晨%豆育升%唐红
焦善飛%何晨%豆育升%唐紅
초선비%하신%두육승%당홍
分子动力学%云计算%原子分解法%并行算法%Hadoop平台
分子動力學%雲計算%原子分解法%併行算法%Hadoop平檯
분자동역학%운계산%원자분해법%병행산법%Hadoop평태
在Hadoop开源云计算平台上运行分子模拟程序,具有节省软硬件投资、缩短模拟时间等研究意义.然而,该平台并不擅长科学计算类应用中所涉及的快速迭代和子任务间通信.为此,在原子分解法基础上提出了三种解决方案并利用“读写HDFS同步法”实现短程作用力有效的分子动力学模拟的并行算法.在一个Hadoop集群上测试和分析了程序的可扩展性、加速比和各部分耗时情况,结果表明在大规模体系模拟中有较好的效果,最高取得了28倍的加速比.实验证明,Hadoop并行技术在分子模拟中有着较高的经济价值和实用价值.
在Hadoop開源雲計算平檯上運行分子模擬程序,具有節省軟硬件投資、縮短模擬時間等研究意義.然而,該平檯併不擅長科學計算類應用中所涉及的快速迭代和子任務間通信.為此,在原子分解法基礎上提齣瞭三種解決方案併利用“讀寫HDFS同步法”實現短程作用力有效的分子動力學模擬的併行算法.在一箇Hadoop集群上測試和分析瞭程序的可擴展性、加速比和各部分耗時情況,結果錶明在大規模體繫模擬中有較好的效果,最高取得瞭28倍的加速比.實驗證明,Hadoop併行技術在分子模擬中有著較高的經濟價值和實用價值.
재Hadoop개원운계산평태상운행분자모의정서,구유절성연경건투자、축단모의시간등연구의의.연이,해평태병불천장과학계산류응용중소섭급적쾌속질대화자임무간통신.위차,재원자분해법기출상제출료삼충해결방안병이용“독사HDFS동보법”실현단정작용력유효적분자동역학모의적병행산법.재일개Hadoop집군상측시화분석료정서적가확전성、가속비화각부분모시정황,결과표명재대규모체계모의중유교호적효과,최고취득료28배적가속비.실험증명,Hadoop병행기술재분자모의중유착교고적경제개치화실용개치.
