作物学报
作物學報
작물학보
ACTA AGRONOMICA SINICA
2014年
3期
397-404
,共8页
肖炳光%邱杰%曹培健%桂毅杰%卢秀萍%李永平%樊龙江
肖炳光%邱傑%曹培健%桂毅傑%盧秀萍%李永平%樊龍江
초병광%구걸%조배건%계의걸%로수평%리영평%번룡강
烤烟%SNP标记%基因组简约法%限制性内切酶%遗传图谱
烤煙%SNP標記%基因組簡約法%限製性內切酶%遺傳圖譜
고연%SNP표기%기인조간약법%한제성내절매%유전도보
Flue-cured tobacco%SNP marker%Genome complexity reduction%Restriction enzyme%Genetic map
提出了一种基于基因组简约法开发SNP标记的方法,即利用特定限制性内切酶酶切降低基因组复杂度,利用高通量测序平台对酶切位点周围的目标片段进行富集测序,设计一个生物信息学流程进行序列分析和SNP鉴定.以烤烟DH群体为例,通过基因组简约法收集烟草基因组代表性片段和高通量测序产生11.4 Gb数据,经生物信息学分析获得了1015个高质量SNP位点.以SSR标记为骨架,绘制包括SNP标记在内、标记总数为1307的烤烟遗传连锁图.最后利用该遗传图谱和普通烟草2个祖先种的基因组序列,分析烟草24个连锁群(染色体)之间的同源关系,发现了大量染色体之间的重组或交换事件以及部分染色体之间的共线性.
提齣瞭一種基于基因組簡約法開髮SNP標記的方法,即利用特定限製性內切酶酶切降低基因組複雜度,利用高通量測序平檯對酶切位點週圍的目標片段進行富集測序,設計一箇生物信息學流程進行序列分析和SNP鑒定.以烤煙DH群體為例,通過基因組簡約法收集煙草基因組代錶性片段和高通量測序產生11.4 Gb數據,經生物信息學分析穫得瞭1015箇高質量SNP位點.以SSR標記為骨架,繪製包括SNP標記在內、標記總數為1307的烤煙遺傳連鎖圖.最後利用該遺傳圖譜和普通煙草2箇祖先種的基因組序列,分析煙草24箇連鎖群(染色體)之間的同源關繫,髮現瞭大量染色體之間的重組或交換事件以及部分染色體之間的共線性.
제출료일충기우기인조간약법개발SNP표기적방법,즉이용특정한제성내절매매절강저기인조복잡도,이용고통량측서평태대매절위점주위적목표편단진행부집측서,설계일개생물신식학류정진행서렬분석화SNP감정.이고연DH군체위례,통과기인조간약법수집연초기인조대표성편단화고통량측서산생11.4 Gb수거,경생물신식학분석획득료1015개고질량SNP위점.이SSR표기위골가,회제포괄SNP표기재내、표기총수위1307적고연유전련쇄도.최후이용해유전도보화보통연초2개조선충적기인조서렬,분석연초24개련쇄군(염색체)지간적동원관계,발현료대량염색체지간적중조혹교환사건이급부분염색체지간적공선성.
