西北植物学报
西北植物學報
서북식물학보
ACTA BOTANICA BOREALI-OCCIDENTALIA SINICA
2014年
8期
1549-1558
,共10页
绒毛状烟草%林烟草%本塞姆氏烟草%基因组%SSR
絨毛狀煙草%林煙草%本塞姆氏煙草%基因組%SSR
융모상연초%림연초%본새모씨연초%기인조%SSR
Nicotiana tomentosiformis%N.sylvestris%N.benthamiana%genome%SSR
利用生物信息学方法对绒毛状烟草、林烟草和本塞姆氏烟草3份烟草野生种基因组数据中的SSR位点信息进行了分析.结果表明,在全长分别为2.14 Gb、2.44 Gb和2.59 Gb的绒毛状烟草、林烟草和本塞姆氏烟草基因组中分别获得1 53 357个、196 493个和278 784个SSR位点,平均相隔13.94 kb、12.42 kb和9.31 kb出现一个SSR.在SSR位点分布区域上,绝大部分的SSR位点分布在内含子和UTR(尤其是5'-UTR)区域;在SSR基序类型上,主要集中在二、三碱基基序且二者占总SSR位点数目的80％以上,并以二碱基基序类型丰度最高;在SSR基序结构上,基因组中出现频率及数量最高的是含有A(T)n的基序结构;在SSR基序的重复次数上,除单碱基基序类型外,重复次数多在3～10次之间.利用分别属于5个不同烟草组的8份烟草材料验证所合成的300对引物,所有合成的引物均能扩增获得目标片段,其中有80对引物存在扩增多态性.表明来源于绒毛状烟草、林烟草和本塞姆氏烟草基因组的SSR标记在亲缘关系相对较近的烟草种间具有高度保守性和通用性,基于此3份烟草野生种基因组数据开发SSR引物用于后续的相关遗传研究具有可行性.
利用生物信息學方法對絨毛狀煙草、林煙草和本塞姆氏煙草3份煙草野生種基因組數據中的SSR位點信息進行瞭分析.結果錶明,在全長分彆為2.14 Gb、2.44 Gb和2.59 Gb的絨毛狀煙草、林煙草和本塞姆氏煙草基因組中分彆穫得1 53 357箇、196 493箇和278 784箇SSR位點,平均相隔13.94 kb、12.42 kb和9.31 kb齣現一箇SSR.在SSR位點分佈區域上,絕大部分的SSR位點分佈在內含子和UTR(尤其是5'-UTR)區域;在SSR基序類型上,主要集中在二、三堿基基序且二者佔總SSR位點數目的80％以上,併以二堿基基序類型豐度最高;在SSR基序結構上,基因組中齣現頻率及數量最高的是含有A(T)n的基序結構;在SSR基序的重複次數上,除單堿基基序類型外,重複次數多在3～10次之間.利用分彆屬于5箇不同煙草組的8份煙草材料驗證所閤成的300對引物,所有閤成的引物均能擴增穫得目標片段,其中有80對引物存在擴增多態性.錶明來源于絨毛狀煙草、林煙草和本塞姆氏煙草基因組的SSR標記在親緣關繫相對較近的煙草種間具有高度保守性和通用性,基于此3份煙草野生種基因組數據開髮SSR引物用于後續的相關遺傳研究具有可行性.
이용생물신식학방법대융모상연초、림연초화본새모씨연초3빈연초야생충기인조수거중적SSR위점신식진행료분석.결과표명,재전장분별위2.14 Gb、2.44 Gb화2.59 Gb적융모상연초、림연초화본새모씨연초기인조중분별획득1 53 357개、196 493개화278 784개SSR위점,평균상격13.94 kb、12.42 kb화9.31 kb출현일개SSR.재SSR위점분포구역상,절대부분적SSR위점분포재내함자화UTR(우기시5'-UTR)구역;재SSR기서류형상,주요집중재이、삼감기기서차이자점총SSR위점수목적80％이상,병이이감기기서류형봉도최고;재SSR기서결구상,기인조중출현빈솔급수량최고적시함유A(T)n적기서결구;재SSR기서적중복차수상,제단감기기서류형외,중복차수다재3～10차지간.이용분별속우5개불동연초조적8빈연초재료험증소합성적300대인물,소유합성적인물균능확증획득목표편단,기중유80대인물존재확증다태성.표명래원우융모상연초、림연초화본새모씨연초기인조적SSR표기재친연관계상대교근적연초충간구유고도보수성화통용성,기우차3빈연초야생충기인조수거개발SSR인물용우후속적상관유전연구구유가행성.
