中南林业科技大学学报
中南林業科技大學學報
중남임업과기대학학보
JOURNAL OF CENTRAL SOUTH UNIVERSITY OF FORESTRY & TECHNOLOGY
2012年
10期
9-17
,共9页
李铁柱%杜红岩%刘慧敏%乌云塔娜%王淋%叶生晶
李鐵柱%杜紅巖%劉慧敏%烏雲塔娜%王淋%葉生晶
리철주%두홍암%류혜민%오운탑나%왕림%협생정
杜仲%幼果%成熟果实%转录组%基因功能
杜仲%幼果%成熟果實%轉錄組%基因功能
두중%유과%성숙과실%전록조%기인공능
对杜仲幼果和成熟果实进行测序后,共获得了53 080 588个reads片段,包含了4 777 252 920个核苷酸序列信息,对reads进行拼接,共获得了921 902个Contig片段,序列信息达到了129 461 462 nt;在Contig数据的基础上,进一步采用over-lap的方法进行拼接,共获得了190 518个Scaffold片段,序列信息达到了67 868 367nt;在Scaffold数据的基础上,进一步拼接,数据共获得了64 474个Unigene片段,序列信息达到了39 120 703 nt;Unigene和COG数据库进行比对表明,杜仲幼果和成熟果实转录组中的Unigene根据功能大致可分为25类；Unigene根据GO功能大致可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类44分支；利用KEGG数据库作为参考,依据代谢通路可以将转录组中的数据分成119类,包括生化代谢通路、植物-真菌互作、DNA剪切、植物激素生物合成、苯丙氨酸生物合成、萜类化合物与类固醇类化合物合成、脂类代谢、RNA降解等.
對杜仲幼果和成熟果實進行測序後,共穫得瞭53 080 588箇reads片段,包含瞭4 777 252 920箇覈苷痠序列信息,對reads進行拼接,共穫得瞭921 902箇Contig片段,序列信息達到瞭129 461 462 nt;在Contig數據的基礎上,進一步採用over-lap的方法進行拼接,共穫得瞭190 518箇Scaffold片段,序列信息達到瞭67 868 367nt;在Scaffold數據的基礎上,進一步拼接,數據共穫得瞭64 474箇Unigene片段,序列信息達到瞭39 120 703 nt;Unigene和COG數據庫進行比對錶明,杜仲幼果和成熟果實轉錄組中的Unigene根據功能大緻可分為25類；Unigene根據GO功能大緻可分為生物過程、細胞組分和分子功能3大類44分支；利用KEGG數據庫作為參攷,依據代謝通路可以將轉錄組中的數據分成119類,包括生化代謝通路、植物-真菌互作、DNA剪切、植物激素生物閤成、苯丙氨痠生物閤成、萜類化閤物與類固醇類化閤物閤成、脂類代謝、RNA降解等.
대두중유과화성숙과실진행측서후,공획득료53 080 588개reads편단,포함료4 777 252 920개핵감산서렬신식,대reads진행병접,공획득료921 902개Contig편단,서렬신식체도료129 461 462 nt;재Contig수거적기출상,진일보채용over-lap적방법진행병접,공획득료190 518개Scaffold편단,서렬신식체도료67 868 367nt;재Scaffold수거적기출상,진일보병접,수거공획득료64 474개Unigene편단,서렬신식체도료39 120 703 nt;Unigene화COG수거고진행비대표명,두중유과화성숙과실전록조중적Unigene근거공능대치가분위25류；Unigene근거GO공능대치가분위생물과정、세포조분화분자공능3대류44분지；이용KEGG수거고작위삼고,의거대사통로가이장전록조중적수거분성119류,포괄생화대사통로、식물-진균호작、DNA전절、식물격소생물합성、분병안산생물합성、첩류화합물여류고순류화합물합성、지류대사、RNA강해등.
