江西农业大学学报
江西農業大學學報
강서농업대학학보
ACTA AGRICULTURAE UNIVERSITATIS JIANGXIENSIS
2013年
4期
870-877
,共8页
田云芳%蒋素华%袁秀云%崔波
田雲芳%蔣素華%袁秀雲%崔波
전운방%장소화%원수운%최파
蕙兰%GAPDH%RACE%生物信息学
蕙蘭%GAPDH%RACE%生物信息學
혜란%GAPDH%RACE%생물신식학
Cymbidium faberi%Glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogenasegene%RACE%bioinformatics
根据GenBank中已登陆的GAPDH基因的同源核苷酸保守序列,设计简并引物,采用RT-PCR的方法得到5个875 bp的片段,分别命名为CfGAPDH1-CfGAPDH5,GenBank登录号分别为JN177722-JN177726.同时结合RACE方法得到蕙兰GAPDH基因cDNA全长,命名为CfGAPDH(JX560732),该序列cDNA全长为1 496 bp,具有完整的开放阅读框(ORF,173-1 195 bp),编码340个氨基酸,该基因编码的氨基酸序列与其他植物的GAPDH蛋白有较高的同源性(80％以上).系统进化分析表明蕙兰CfGAPDH基因核苷酸序列与墨兰GAPDH1、GAPDH2和春兰GAPDH1的同源性最高(99％),所编码的氨基酸序列与墨兰GAPDH2的同源性达100％.生物信息学分析推测,该基因编码的蛋白残基主要有两个卷曲螺旋区域,分别位于25和250位点附近,属于不稳定蛋白,亲水性较强,初步推断CfGAPDH是一个胞质型GAPDH,二级结构中的β转角所占比例较高(41.2％),三级结构与春兰和小麦非常相似.
根據GenBank中已登陸的GAPDH基因的同源覈苷痠保守序列,設計簡併引物,採用RT-PCR的方法得到5箇875 bp的片段,分彆命名為CfGAPDH1-CfGAPDH5,GenBank登錄號分彆為JN177722-JN177726.同時結閤RACE方法得到蕙蘭GAPDH基因cDNA全長,命名為CfGAPDH(JX560732),該序列cDNA全長為1 496 bp,具有完整的開放閱讀框(ORF,173-1 195 bp),編碼340箇氨基痠,該基因編碼的氨基痠序列與其他植物的GAPDH蛋白有較高的同源性(80％以上).繫統進化分析錶明蕙蘭CfGAPDH基因覈苷痠序列與墨蘭GAPDH1、GAPDH2和春蘭GAPDH1的同源性最高(99％),所編碼的氨基痠序列與墨蘭GAPDH2的同源性達100％.生物信息學分析推測,該基因編碼的蛋白殘基主要有兩箇捲麯螺鏇區域,分彆位于25和250位點附近,屬于不穩定蛋白,親水性較彊,初步推斷CfGAPDH是一箇胞質型GAPDH,二級結構中的β轉角所佔比例較高(41.2％),三級結構與春蘭和小麥非常相似.
근거GenBank중이등륙적GAPDH기인적동원핵감산보수서렬,설계간병인물,채용RT-PCR적방법득도5개875 bp적편단,분별명명위CfGAPDH1-CfGAPDH5,GenBank등록호분별위JN177722-JN177726.동시결합RACE방법득도혜란GAPDH기인cDNA전장,명명위CfGAPDH(JX560732),해서렬cDNA전장위1 496 bp,구유완정적개방열독광(ORF,173-1 195 bp),편마340개안기산,해기인편마적안기산서렬여기타식물적GAPDH단백유교고적동원성(80％이상).계통진화분석표명혜란CfGAPDH기인핵감산서렬여묵란GAPDH1、GAPDH2화춘란GAPDH1적동원성최고(99％),소편마적안기산서렬여묵란GAPDH2적동원성체100％.생물신식학분석추측,해기인편마적단백잔기주요유량개권곡라선구역,분별위우25화250위점부근,속우불은정단백,친수성교강,초보추단CfGAPDH시일개포질형GAPDH,이급결구중적β전각소점비례교고(41.2％),삼급결구여춘란화소맥비상상사.
