南方农业学报
南方農業學報
남방농업학보
GUANGXI AGRICULTURAL SCIENCES
2013年
7期
1190-1195
,共6页
蚤状溞%MDM2%MDM4%生物信息学%基因组
蚤狀溞%MDM2%MDM4%生物信息學%基因組
조상소%MDM2%MDM4%생물신식학%기인조
Daphnia pulex%MDM2%MDM4%bioinformatics%genome
[目的]验证蚤状溞基因组是否存在与人类原癌基因MDM2/4同源或相似的基因,为拓展蚤状溞作为模式生物在生物医学领域中的应用奠定基础.[方法]在GenBank中同源搜索蚤状溞MDM2/4基因及其编码蛋白,利用生物信息学工具软件对其基因结构、转录本序列、编码蛋白的性质和结构等进行生物信息学分析.[结果]用BLASTp程序在GenBank蛋白非冗余数据库中对编码的氨基酸序列进行搜索,获得了蚤状溞基因组编码的MDM2/4类似蛋白,并分别命名为DAPPU mdm2_like和DAPPU_rndm4_like.根据EST序列确定蚤状溞MDM2/4类似基因仅有5个外显子.BLAST比对搜索、亚细胞定位预测、功能结构域分析及同源模建预测结果表明,DAPPU_mdm2_like和DAP-PU_mdm4_like可能是MDM2/4的同源蛋白,DAPPU_mdm2 like的结构功能域含有1个ZnF_RBZ结构域(氨基酸135～159)、1个RING结构域(氨基酸250～290)和RING结构域重叠部分序列形成的另一个ZnF_RBZ结构域(氨基酸269～293)；DAPPU_mdm4_like氨基酸222～263可能是一个RING结构域.利用Needleman-Wunsch双序列全局比对工具比对,发现DAPPU_mdm4_like与DAPPU_mdm2_like具有28.6％的序列一致性和40.4％的相似性.[结论]蚤状潘基因组可能存在MDM2和MDM4的分化.
[目的]驗證蚤狀溞基因組是否存在與人類原癌基因MDM2/4同源或相似的基因,為拓展蚤狀溞作為模式生物在生物醫學領域中的應用奠定基礎.[方法]在GenBank中同源搜索蚤狀溞MDM2/4基因及其編碼蛋白,利用生物信息學工具軟件對其基因結構、轉錄本序列、編碼蛋白的性質和結構等進行生物信息學分析.[結果]用BLASTp程序在GenBank蛋白非冗餘數據庫中對編碼的氨基痠序列進行搜索,穫得瞭蚤狀溞基因組編碼的MDM2/4類似蛋白,併分彆命名為DAPPU mdm2_like和DAPPU_rndm4_like.根據EST序列確定蚤狀溞MDM2/4類似基因僅有5箇外顯子.BLAST比對搜索、亞細胞定位預測、功能結構域分析及同源模建預測結果錶明,DAPPU_mdm2_like和DAP-PU_mdm4_like可能是MDM2/4的同源蛋白,DAPPU_mdm2 like的結構功能域含有1箇ZnF_RBZ結構域(氨基痠135～159)、1箇RING結構域(氨基痠250～290)和RING結構域重疊部分序列形成的另一箇ZnF_RBZ結構域(氨基痠269～293)；DAPPU_mdm4_like氨基痠222～263可能是一箇RING結構域.利用Needleman-Wunsch雙序列全跼比對工具比對,髮現DAPPU_mdm4_like與DAPPU_mdm2_like具有28.6％的序列一緻性和40.4％的相似性.[結論]蚤狀潘基因組可能存在MDM2和MDM4的分化.
[목적]험증조상소기인조시부존재여인류원암기인MDM2/4동원혹상사적기인,위탁전조상소작위모식생물재생물의학영역중적응용전정기출.[방법]재GenBank중동원수색조상소MDM2/4기인급기편마단백,이용생물신식학공구연건대기기인결구、전록본서렬、편마단백적성질화결구등진행생물신식학분석.[결과]용BLASTp정서재GenBank단백비용여수거고중대편마적안기산서렬진행수색,획득료조상소기인조편마적MDM2/4유사단백,병분별명명위DAPPU mdm2_like화DAPPU_rndm4_like.근거EST서렬학정조상소MDM2/4유사기인부유5개외현자.BLAST비대수색、아세포정위예측、공능결구역분석급동원모건예측결과표명,DAPPU_mdm2_like화DAP-PU_mdm4_like가능시MDM2/4적동원단백,DAPPU_mdm2 like적결구공능역함유1개ZnF_RBZ결구역(안기산135～159)、1개RING결구역(안기산250～290)화RING결구역중첩부분서렬형성적령일개ZnF_RBZ결구역(안기산269～293)；DAPPU_mdm4_like안기산222～263가능시일개RING결구역.이용Needleman-Wunsch쌍서렬전국비대공구비대,발현DAPPU_mdm4_like여DAPPU_mdm2_like구유28.6％적서렬일치성화40.4％적상사성.[결론]조상반기인조가능존재MDM2화MDM4적분화.
