南方农业学报
南方農業學報
남방농업학보
GUANGXI AGRICULTURAL SCIENCES
2013年
7期
1069-1075
,共7页
高洪昌%黄小龙%陈银华%许云%吴文嫱%谢俊%黄东益
高洪昌%黃小龍%陳銀華%許雲%吳文嬙%謝俊%黃東益
고홍창%황소룡%진은화%허운%오문장%사준%황동익
参薯%ARF基因%生物信息学%聚类分析%蛋白结构
參藷%ARF基因%生物信息學%聚類分析%蛋白結構
삼서%ARF기인%생물신식학%취류분석%단백결구
Dioscorea alata L.%ADP-ribosylation factor(ARF)%bioinformatics%cluster analysis%protein structure
[目的]对参薯等11种植物的ARF基因进行生物信息学分析,为深入研究植物ARF基因的结构与功能分析奠定基础.[方法]对参薯ARF同源序列进行克隆和序列测定,利用生物信息学相关软件对参薯等11种植物的ARF的核苷酸序列、氨基酸序列、组成成分、疏水性/亲水性、蛋白质二级和三级结构、信号肽、跨膜结构、导肽进行分析.[结果]参薯ARF基因同源片段大小为1200bp.系统进化分析结果表明,参薯等11种植物的ARF氨基酸序列可分为Ⅰ和Ⅱ两大类,细分A、B、C、D、E5个亚族,其中参薯ARF1和蒺藜苜蓿组成一个亚族,参薯ARF2和风信子组成一个亚族.参薯ARF的氨基酸序列中存在GTP/Mg2+结合位点和G2、G3保守区域,具有两个相同的效应结构域Switch1和Switch2.参薯ARF蛋白结构以无规则卷曲为主,三级空间结构不稳定.ARF蛋白为疏水性、脂溶性蛋白,无信号肽,存在明显跨膜结构域；ARF导肽无明确定位,预测等级为3级.[结论]参薯ARF蛋白结构的特殊性为其执行物质转运和参与信号转导功能奠定基础.
[目的]對參藷等11種植物的ARF基因進行生物信息學分析,為深入研究植物ARF基因的結構與功能分析奠定基礎.[方法]對參藷ARF同源序列進行剋隆和序列測定,利用生物信息學相關軟件對參藷等11種植物的ARF的覈苷痠序列、氨基痠序列、組成成分、疏水性/親水性、蛋白質二級和三級結構、信號肽、跨膜結構、導肽進行分析.[結果]參藷ARF基因同源片段大小為1200bp.繫統進化分析結果錶明,參藷等11種植物的ARF氨基痠序列可分為Ⅰ和Ⅱ兩大類,細分A、B、C、D、E5箇亞族,其中參藷ARF1和蒺藜苜蓿組成一箇亞族,參藷ARF2和風信子組成一箇亞族.參藷ARF的氨基痠序列中存在GTP/Mg2+結閤位點和G2、G3保守區域,具有兩箇相同的效應結構域Switch1和Switch2.參藷ARF蛋白結構以無規則捲麯為主,三級空間結構不穩定.ARF蛋白為疏水性、脂溶性蛋白,無信號肽,存在明顯跨膜結構域；ARF導肽無明確定位,預測等級為3級.[結論]參藷ARF蛋白結構的特殊性為其執行物質轉運和參與信號轉導功能奠定基礎.
[목적]대삼서등11충식물적ARF기인진행생물신식학분석,위심입연구식물ARF기인적결구여공능분석전정기출.[방법]대삼서ARF동원서렬진행극륭화서렬측정,이용생물신식학상관연건대삼서등11충식물적ARF적핵감산서렬、안기산서렬、조성성분、소수성/친수성、단백질이급화삼급결구、신호태、과막결구、도태진행분석.[결과]삼서ARF기인동원편단대소위1200bp.계통진화분석결과표명,삼서등11충식물적ARF안기산서렬가분위Ⅰ화Ⅱ량대류,세분A、B、C、D、E5개아족,기중삼서ARF1화질려목숙조성일개아족,삼서ARF2화풍신자조성일개아족.삼서ARF적안기산서렬중존재GTP/Mg2+결합위점화G2、G3보수구역,구유량개상동적효응결구역Switch1화Switch2.삼서ARF단백결구이무규칙권곡위주,삼급공간결구불은정.ARF단백위소수성、지용성단백,무신호태,존재명현과막결구역；ARF도태무명학정위,예측등급위3급.[결론]삼서ARF단백결구적특수성위기집행물질전운화삼여신호전도공능전정기출.
