高等学校化学学报
高等學校化學學報
고등학교화학학보
CHEMICAL JOURNAL OF CHINESE UNIVERSITIES
2012年
11期
2556-2562
,共7页
潘显超%梅虎%谢江安%吕娟%王青%张亚兰%谭文
潘顯超%梅虎%謝江安%呂娟%王青%張亞蘭%譚文
반현초%매호%사강안%려연%왕청%장아란%담문
抗原处理相关转运蛋白%抗原肽%氨基酸描述子VHSE%支持向量机%活性%选择特异性
抗原處理相關轉運蛋白%抗原肽%氨基痠描述子VHSE%支持嚮量機%活性%選擇特異性
항원처리상관전운단백%항원태%안기산묘술자VHSE%지지향량궤%활성%선택특이성
应用氨基酸描述子VHSE(Principal component score vector of hydrophobic,steric,and electronic properties)对613个抗原9肽进行结构表征,在此基础上,采用支持向量机结合逐步回归变量筛选方法,成功建立了抗原肽抗原处理相关转运蛋白(Transporter associated with antigen processing,TAP)亲和活性预测模型,最优线性支持向量机模型的R2,Q2和R2ext分别为0.7386,0.7270和0.6057.模型结果分析表明,影响TAP亲和活性的首要因素是电性,其次是立体和疏水性质；底物9肽的P1(N端)及P2,P7和P9(C端)位氨基酸物化性质对TAP亲和活性有重要影响,而P3,P4,P5和P6位对模型贡献相对较小,P8位则与活性无关.依据最优模型对模拟点突变9肽的TAP亲和活性的预测结果,并结合变量载荷分析,对TAP底物选择特异性进行了分析和总结.
應用氨基痠描述子VHSE(Principal component score vector of hydrophobic,steric,and electronic properties)對613箇抗原9肽進行結構錶徵,在此基礎上,採用支持嚮量機結閤逐步迴歸變量篩選方法,成功建立瞭抗原肽抗原處理相關轉運蛋白(Transporter associated with antigen processing,TAP)親和活性預測模型,最優線性支持嚮量機模型的R2,Q2和R2ext分彆為0.7386,0.7270和0.6057.模型結果分析錶明,影響TAP親和活性的首要因素是電性,其次是立體和疏水性質；底物9肽的P1(N耑)及P2,P7和P9(C耑)位氨基痠物化性質對TAP親和活性有重要影響,而P3,P4,P5和P6位對模型貢獻相對較小,P8位則與活性無關.依據最優模型對模擬點突變9肽的TAP親和活性的預測結果,併結閤變量載荷分析,對TAP底物選擇特異性進行瞭分析和總結.
응용안기산묘술자VHSE(Principal component score vector of hydrophobic,steric,and electronic properties)대613개항원9태진행결구표정,재차기출상,채용지지향량궤결합축보회귀변량사선방법,성공건립료항원태항원처리상관전운단백(Transporter associated with antigen processing,TAP)친화활성예측모형,최우선성지지향량궤모형적R2,Q2화R2ext분별위0.7386,0.7270화0.6057.모형결과분석표명,영향TAP친화활성적수요인소시전성,기차시입체화소수성질；저물9태적P1(N단)급P2,P7화P9(C단)위안기산물화성질대TAP친화활성유중요영향,이P3,P4,P5화P6위대모형공헌상대교소,P8위칙여활성무관.의거최우모형대모의점돌변9태적TAP친화활성적예측결과,병결합변량재하분석,대TAP저물선택특이성진행료분석화총결.
