南方农业学报
南方農業學報
남방농업학보
GUANGXI AGRICULTURAL SCIENCES
2012年
11期
1758-1764
,共7页
龟鳖类%12S rRNA%16S rRNA%Kimura双参数遗传距离%系统进化树
龜鱉類%12S rRNA%16S rRNA%Kimura雙參數遺傳距離%繫統進化樹
구별류%12S rRNA%16S rRNA%Kimura쌍삼수유전거리%계통진화수
[目的]研究龟鳖类的系统进化关系,为龟鳖类资源的保护和合理开发利用提供理论依据.[方法]采用PCR扩增和测序的方法,获得小鳄龟(Chelydra serpentina)的12S rRNA和16S rRNA序列,分别结合NCBI中其他龟鳖的同源性序列进行比对分析;基于Kimura双参数模型计算龟鳖类种间、属间、科间的遗传距离;采用邻接(NJ)法、最大简约(MP)法和最大似然(ML)法构建分子系统进化树.[结果]经比对后得到394 bp的12S rRNA-致序列和544 bp的16SrRNA一致序列,二者合并得到938 bp的联合序列.其中,可变位点327个,序列总变异率为34.9%,简约信息位点222个,单变异多态位点105个.T、C、A、G的平均含量分别为23.6%、24.1%、33.5%和18.7%,A+T含量为57.1%,G+C含量为42.8%.在327个可变位点中,转换数为61,颠换数为24,转换/颠换比率(R)为2.54.拟水龟属间的遗传距离为0.021~0.060,平均为0.467;淡水龟科8属之间的遗传距离为0.022~0.110,平均为0.0724;曲颈龟亚目7科(除平胸龟属外)间的遗传距离为0.071~0.123,平均为0.105.分子系统进化树显示,木纹龟属首先和陆龟科聚在一起,然后再与淡水龟科汇聚;中华花龟、大头乌龟与拟水龟属的成员相互镶嵌,聚成一支;鳄龟科、海龟科、棱皮龟科聚为一支;动胸龟科独成一支.[结论]应将龟亚科、淡水龟亚科提升为龟科、淡水龟科,并将大头乌龟、中华花龟并入拟水龟属,而平胸龟应从鳄龟科中分离出来,独立自成平胸龟科.
[目的]研究龜鱉類的繫統進化關繫,為龜鱉類資源的保護和閤理開髮利用提供理論依據.[方法]採用PCR擴增和測序的方法,穫得小鱷龜(Chelydra serpentina)的12S rRNA和16S rRNA序列,分彆結閤NCBI中其他龜鱉的同源性序列進行比對分析;基于Kimura雙參數模型計算龜鱉類種間、屬間、科間的遺傳距離;採用鄰接(NJ)法、最大簡約(MP)法和最大似然(ML)法構建分子繫統進化樹.[結果]經比對後得到394 bp的12S rRNA-緻序列和544 bp的16SrRNA一緻序列,二者閤併得到938 bp的聯閤序列.其中,可變位點327箇,序列總變異率為34.9%,簡約信息位點222箇,單變異多態位點105箇.T、C、A、G的平均含量分彆為23.6%、24.1%、33.5%和18.7%,A+T含量為57.1%,G+C含量為42.8%.在327箇可變位點中,轉換數為61,顛換數為24,轉換/顛換比率(R)為2.54.擬水龜屬間的遺傳距離為0.021~0.060,平均為0.467;淡水龜科8屬之間的遺傳距離為0.022~0.110,平均為0.0724;麯頸龜亞目7科(除平胸龜屬外)間的遺傳距離為0.071~0.123,平均為0.105.分子繫統進化樹顯示,木紋龜屬首先和陸龜科聚在一起,然後再與淡水龜科彙聚;中華花龜、大頭烏龜與擬水龜屬的成員相互鑲嵌,聚成一支;鱷龜科、海龜科、稜皮龜科聚為一支;動胸龜科獨成一支.[結論]應將龜亞科、淡水龜亞科提升為龜科、淡水龜科,併將大頭烏龜、中華花龜併入擬水龜屬,而平胸龜應從鱷龜科中分離齣來,獨立自成平胸龜科.
[목적]연구구별류적계통진화관계,위구별류자원적보호화합리개발이용제공이론의거.[방법]채용PCR확증화측서적방법,획득소악구(Chelydra serpentina)적12S rRNA화16S rRNA서렬,분별결합NCBI중기타구별적동원성서렬진행비대분석;기우Kimura쌍삼수모형계산구별류충간、속간、과간적유전거리;채용린접(NJ)법、최대간약(MP)법화최대사연(ML)법구건분자계통진화수.[결과]경비대후득도394 bp적12S rRNA-치서렬화544 bp적16SrRNA일치서렬,이자합병득도938 bp적연합서렬.기중,가변위점327개,서렬총변이솔위34.9%,간약신식위점222개,단변이다태위점105개.T、C、A、G적평균함량분별위23.6%、24.1%、33.5%화18.7%,A+T함량위57.1%,G+C함량위42.8%.재327개가변위점중,전환수위61,전환수위24,전환/전환비솔(R)위2.54.의수구속간적유전거리위0.021~0.060,평균위0.467;담수구과8속지간적유전거리위0.022~0.110,평균위0.0724;곡경구아목7과(제평흉구속외)간적유전거리위0.071~0.123,평균위0.105.분자계통진화수현시,목문구속수선화륙구과취재일기,연후재여담수구과회취;중화화구、대두오구여의수구속적성원상호양감,취성일지;악구과、해구과、릉피구과취위일지;동흉구과독성일지.[결론]응장구아과、담수구아과제승위구과、담수구과,병장대두오구、중화화구병입의수구속,이평흉구응종악구과중분리출래,독립자성평흉구과.