原子与分子物理学报
原子與分子物理學報
원자여분자물이학보
CHINESE JOURNAL OF ATOMIC AND MOLECULAR PHYSICS
2013年
6期
994-1001
,共8页
伊长虹%梁志强%王伟%尹妍妍%李洪云%陈建中
伊長虹%樑誌彊%王偉%尹妍妍%李洪雲%陳建中
이장홍%량지강%왕위%윤연연%리홍운%진건중
分子动力学模拟%MM-PB/SA方法%抑制剂-残基相互作用%HIV-1蛋白酶
分子動力學模擬%MM-PB/SA方法%抑製劑-殘基相互作用%HIV-1蛋白酶
분자동역학모의%MM-PB/SA방법%억제제-잔기상호작용%HIV-1단백매
molecular dynamics simulation%MM-PB/SA method%inhibitor-residue interaction%HIV-1 protease
HIV-1蛋白酶已经成为治疗艾滋病药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PB/SA方法计算了抑制剂3G3与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华作用驱动了3G3与蛋白酶的结合.同时也采用了基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果证明残基Ala28,Val32/Val32',Ile47,Gly49,Ile50/Ile50',Ile84/Ile84'和Pr081'能与蛋白酶产生较为强烈的相互作用,同时也表明CH-π,π-π和CH-O相互作用控制了3G3与蛋白酶的结合.我们期望这个研究能为抗艾滋病的药物设计提供理论上的指导.
HIV-1蛋白酶已經成為治療艾滋病藥物設計的重要靶標.本文採用分子動力學模擬和MM-PB/SA方法計算瞭抑製劑3G3與HIV-1蛋白酶的結閤自由能,結果錶明範德華作用驅動瞭3G3與蛋白酶的結閤.同時也採用瞭基于殘基的自由能分解方法計算瞭抑製劑-殘基相互作用,結果證明殘基Ala28,Val32/Val32',Ile47,Gly49,Ile50/Ile50',Ile84/Ile84'和Pr081'能與蛋白酶產生較為彊烈的相互作用,同時也錶明CH-π,π-π和CH-O相互作用控製瞭3G3與蛋白酶的結閤.我們期望這箇研究能為抗艾滋病的藥物設計提供理論上的指導.
HIV-1단백매이경성위치료애자병약물설계적중요파표.본문채용분자동역학모의화MM-PB/SA방법계산료억제제3G3여HIV-1단백매적결합자유능,결과표명범덕화작용구동료3G3여단백매적결합.동시야채용료기우잔기적자유능분해방법계산료억제제-잔기상호작용,결과증명잔기Ala28,Val32/Val32',Ile47,Gly49,Ile50/Ile50',Ile84/Ile84'화Pr081'능여단백매산생교위강렬적상호작용,동시야표명CH-π,π-π화CH-O상호작용공제료3G3여단백매적결합.아문기망저개연구능위항애자병적약물설계제공이론상적지도.
