检验医学与临床
檢驗醫學與臨床
검험의학여림상
JOURNAL OF LABORATORY MEDICINE AND CLINICAL SCIENCES
2013年
23期
3108-3109,3135
,共3页
涂海健%俞柳敏%李励军%陈智伟
塗海健%俞柳敏%李勵軍%陳智偉
도해건%유류민%리려군%진지위
人乳头状瘤病毒%基因型%同源性%基因序列
人乳頭狀瘤病毒%基因型%同源性%基因序列
인유두상류병독%기인형%동원성%기인서렬
human papilloma virus%genotype%homology%gene sequence
目的:了解莆田地区人乳头状瘤病毒(HPV)58型 L1基因结构特点和变异规律,为临床治疗和预防提供理论依据。方法采用核酸分子快速导流杂交基因分型芯片(HybriMax)进行 HPV 基因分型,随机选4例HPV 58型阳性标本,进行基因克隆测序;进一步用 DNAstar ,clustalx 2.0和 Mega5.0软件对测序结果与 GenBank中发布的其他国家及国内的32株 HPV 58型病毒株 L1基因核苷酸和氨基酸序列建立同源性矩阵并分析,同时进行进化树构建。结果4株 HPV 58型病毒株之间的核苷酸同源性为96%~98%,氨基酸同源性为92%~98%;1986年法国株之间的核苷酸同源性为83%~86%,氨基酸同源性为84%~89%;1987年英国株之间的核苷酸同源性为53%~54%,氨基酸同源性为39%~42%;国内2010年香港分离株、2004年江苏分离株之间核苷酸的同源性为96%~100%,氨基酸同源性为92%~99%。从构建系统进化树图可以看出,4株本地区 HPV 58型病毒株分别与上海和香港 EV999963、DQ057326、HM639611病毒株基因背景最紧密。结论本地区 HPV 58型 L1基因具有一定的区域性特点。
目的:瞭解莆田地區人乳頭狀瘤病毒(HPV)58型 L1基因結構特點和變異規律,為臨床治療和預防提供理論依據。方法採用覈痠分子快速導流雜交基因分型芯片(HybriMax)進行 HPV 基因分型,隨機選4例HPV 58型暘性標本,進行基因剋隆測序;進一步用 DNAstar ,clustalx 2.0和 Mega5.0軟件對測序結果與 GenBank中髮佈的其他國傢及國內的32株 HPV 58型病毒株 L1基因覈苷痠和氨基痠序列建立同源性矩陣併分析,同時進行進化樹構建。結果4株 HPV 58型病毒株之間的覈苷痠同源性為96%~98%,氨基痠同源性為92%~98%;1986年法國株之間的覈苷痠同源性為83%~86%,氨基痠同源性為84%~89%;1987年英國株之間的覈苷痠同源性為53%~54%,氨基痠同源性為39%~42%;國內2010年香港分離株、2004年江囌分離株之間覈苷痠的同源性為96%~100%,氨基痠同源性為92%~99%。從構建繫統進化樹圖可以看齣,4株本地區 HPV 58型病毒株分彆與上海和香港 EV999963、DQ057326、HM639611病毒株基因揹景最緊密。結論本地區 HPV 58型 L1基因具有一定的區域性特點。
목적:료해보전지구인유두상류병독(HPV)58형 L1기인결구특점화변이규률,위림상치료화예방제공이론의거。방법채용핵산분자쾌속도류잡교기인분형심편(HybriMax)진행 HPV 기인분형,수궤선4례HPV 58형양성표본,진행기인극륭측서;진일보용 DNAstar ,clustalx 2.0화 Mega5.0연건대측서결과여 GenBank중발포적기타국가급국내적32주 HPV 58형병독주 L1기인핵감산화안기산서렬건립동원성구진병분석,동시진행진화수구건。결과4주 HPV 58형병독주지간적핵감산동원성위96%~98%,안기산동원성위92%~98%;1986년법국주지간적핵감산동원성위83%~86%,안기산동원성위84%~89%;1987년영국주지간적핵감산동원성위53%~54%,안기산동원성위39%~42%;국내2010년향항분리주、2004년강소분리주지간핵감산적동원성위96%~100%,안기산동원성위92%~99%。종구건계통진화수도가이간출,4주본지구 HPV 58형병독주분별여상해화향항 EV999963、DQ057326、HM639611병독주기인배경최긴밀。결론본지구 HPV 58형 L1기인구유일정적구역성특점。
Objective To understand the structure and variation regulation of human papillomavirus (HPV ) type 58 L1 gene in Putian city ,Fujian province ,in order to provide theoretical basis for clinical treatment and preven-tion .Methods Nucleic acids rapid diversion genotyping chip(HybrMax) was used in HPV genotype .Four strains of type HPV58 positive samples was randomly selected ,then cloned and sequenced ;further results sequenced and 32 strains of HPV type 58 virus strains L1 gene nucleotide sequence in Gen Bank were used to establish homology ma-trix ,analyzed and build phylogenetic tree construction by DNAstar ,clustalx 2 and Mega5 .0 software .Results The gene of these four strains of HPV virus type 58 strains shared highly homology 96% - 98% in nucleotide with each other ,92% - 98% in protein level too ;with 1986 French line ,nucleotide homology is 83% - 86% ,the homology of a-mino acid is 84% - 89% ;with 1987 the British lines ,nucleotide homology is 53% - 54% ,the amino acid sequence is 39% - 42% ;with separation and the 2010 Hongkong ,2004 Jiangsu isolates nucleotide strains ,homology is 96% -100% ,the homology of amino acid is 92% - 99% ,the highest homology .From the phylogenetic tree diagram ,the gene background of these 4 strains of HPV58 virus in the region and that of the EV999963 ,DQ057326 ,HM639611 strains virus from Shanghai ,Hongkong were most closely .Conclusion The region type HPV58L1gene has certain regional characteristics .