生命科学研究
生命科學研究
생명과학연구
LIFE SCIENCE RESEARCH
2012年
6期
471-478,495
,共9页
转录终止%内源性终止子%RNA发夹结构%多聚胸腺嘧啶区域%支持向量机
轉錄終止%內源性終止子%RNA髮夾結構%多聚胸腺嘧啶區域%支持嚮量機
전록종지%내원성종지자%RNA발협결구%다취흉선밀정구역%지지향량궤
内源性转录终止子的计算预测是基因转录调控研究的重要内容,但当前方法的预测特异性偏低.在深入分析大肠杆菌内源性终止子中RNA发夹结构和多聚胸腺嘧啶区域等特征信号的基础上,为内源性终止子建立了一个由5个特征变量组成的包含序列组分、局部构象和能量分布信息的特征集,并根据此特征集实现了一种基于支持向量机的内源性终止子计算预测方法.针对大肠杆菌内源性终止子数据集和编码区阴性对照集的六重交叉验证测试证实了预测方法的有效性,对已知数据的预测平均正确率达到了99.4％.在对大肠杆菌全基因组限定范围内的搜索中,该预测方法可以成功地识别出绝大多数已知内源性终止子,与其他几种常用方法相比,预测结果总数大幅度减少,预测的特异性有了明显提高.
內源性轉錄終止子的計算預測是基因轉錄調控研究的重要內容,但噹前方法的預測特異性偏低.在深入分析大腸桿菌內源性終止子中RNA髮夾結構和多聚胸腺嘧啶區域等特徵信號的基礎上,為內源性終止子建立瞭一箇由5箇特徵變量組成的包含序列組分、跼部構象和能量分佈信息的特徵集,併根據此特徵集實現瞭一種基于支持嚮量機的內源性終止子計算預測方法.針對大腸桿菌內源性終止子數據集和編碼區陰性對照集的六重交扠驗證測試證實瞭預測方法的有效性,對已知數據的預測平均正確率達到瞭99.4％.在對大腸桿菌全基因組限定範圍內的搜索中,該預測方法可以成功地識彆齣絕大多數已知內源性終止子,與其他幾種常用方法相比,預測結果總數大幅度減少,預測的特異性有瞭明顯提高.
내원성전록종지자적계산예측시기인전록조공연구적중요내용,단당전방법적예측특이성편저.재심입분석대장간균내원성종지자중RNA발협결구화다취흉선밀정구역등특정신호적기출상,위내원성종지자건립료일개유5개특정변량조성적포함서렬조분、국부구상화능량분포신식적특정집,병근거차특정집실현료일충기우지지향량궤적내원성종지자계산예측방법.침대대장간균내원성종지자수거집화편마구음성대조집적륙중교차험증측시증실료예측방법적유효성,대이지수거적예측평균정학솔체도료99.4％.재대대장간균전기인조한정범위내적수색중,해예측방법가이성공지식별출절대다수이지내원성종지자,여기타궤충상용방법상비,예측결과총수대폭도감소,예측적특이성유료명현제고.
