华北农学报
華北農學報
화북농학보
ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA
2013年
3期
35-42
,共8页
张鹏%江明锋%马晓瑞%方毅%王永
張鵬%江明鋒%馬曉瑞%方毅%王永
장붕%강명봉%마효서%방의%왕영
藏山羊%TGOLyz 基因%克隆%定量表达%生物信息学
藏山羊%TGOLyz 基因%剋隆%定量錶達%生物信息學
장산양%TGOLyz 기인%극륭%정량표체%생물신식학
Tibetan goat%TGOLyz gene%Clone%qRT-PCR%Bioinformatics
基于物种同源性,应用 PCR 和 RT-PCR 技术,克隆得到藏山羊瓣胃溶菌酶基因 cDNA 编码序列,并命名为TGOLyz,应用生物信息学软件对 TGOLyz 基因核苷酸序列及预测的蛋白序列进行了分析,并预测该蛋白的三级结构;应用 qRT-PCR 技术检测了 TGOLyz 在5个组织中的定量表达。结果表明,藏山羊瓣胃溶菌酶基因 TGOLyz cDNA 编码区长444 bp(Accession No.KC558501),编码147个氨基酸,分子量为16.29 kDa,等电点为6.08。同源性对比显示, TGOLyz 与牛胃1(Cow stomach 1)的同源性最高,达95.24%,与牦牛胃(Yak stomach)的同源性最低,仅为67.61%;系统进化树显示,该基因属于 c 型溶菌酶(c-type lysozyme)家族;qRT-PCR 分析表明,TGOLyz 基因在5个组织中均有表达,在瓣胃中表达量最高。这为进一步深入研究 TGOLyz 的抗菌及消化功能的分子调控机制提供了理论基础。
基于物種同源性,應用 PCR 和 RT-PCR 技術,剋隆得到藏山羊瓣胃溶菌酶基因 cDNA 編碼序列,併命名為TGOLyz,應用生物信息學軟件對 TGOLyz 基因覈苷痠序列及預測的蛋白序列進行瞭分析,併預測該蛋白的三級結構;應用 qRT-PCR 技術檢測瞭 TGOLyz 在5箇組織中的定量錶達。結果錶明,藏山羊瓣胃溶菌酶基因 TGOLyz cDNA 編碼區長444 bp(Accession No.KC558501),編碼147箇氨基痠,分子量為16.29 kDa,等電點為6.08。同源性對比顯示, TGOLyz 與牛胃1(Cow stomach 1)的同源性最高,達95.24%,與牦牛胃(Yak stomach)的同源性最低,僅為67.61%;繫統進化樹顯示,該基因屬于 c 型溶菌酶(c-type lysozyme)傢族;qRT-PCR 分析錶明,TGOLyz 基因在5箇組織中均有錶達,在瓣胃中錶達量最高。這為進一步深入研究 TGOLyz 的抗菌及消化功能的分子調控機製提供瞭理論基礎。
기우물충동원성,응용 PCR 화 RT-PCR 기술,극륭득도장산양판위용균매기인 cDNA 편마서렬,병명명위TGOLyz,응용생물신식학연건대 TGOLyz 기인핵감산서렬급예측적단백서렬진행료분석,병예측해단백적삼급결구;응용 qRT-PCR 기술검측료 TGOLyz 재5개조직중적정량표체。결과표명,장산양판위용균매기인 TGOLyz cDNA 편마구장444 bp(Accession No.KC558501),편마147개안기산,분자량위16.29 kDa,등전점위6.08。동원성대비현시, TGOLyz 여우위1(Cow stomach 1)적동원성최고,체95.24%,여모우위(Yak stomach)적동원성최저,부위67.61%;계통진화수현시,해기인속우 c 형용균매(c-type lysozyme)가족;qRT-PCR 분석표명,TGOLyz 기인재5개조직중균유표체,재판위중표체량최고。저위진일보심입연구 TGOLyz 적항균급소화공능적분자조공궤제제공료이론기출。
Based on species homology,the lysozyme cDNA was cloned from omasum in Tibetan goat by PCR and RT-PCR,and named TGOLyz gene.The sequence of nucleotides and deduced amino acids of TGOLyz was ana-lyzed through bioinformatics methods ,and the gene expression levels at five tissues of Tibetan goat were detected through qRT-PCR.The result showed that the coding region of the TGOLyz cDNA was 444 bp,and encoded 147 a-mino acids with a molecular weight of 16.29 kDa and isoelectric point of 6.08.The deduced amino acids sequence of TGOLyz shared 95.24% homologies with that from cow stomach 1 and had 67.61% homologies with that from yak stomach.The phylogenetic analysis showed that the TGOLyz gene belongs to c-type lysozyme.Real-time quanti-tative PCR assay demonstrated that the TGOLyz could be detected in all 5 tissues with the highest expression level observed in omasum.All these would establish a foundation for TGOLyz of its molecular mechanism of antibacterial and digestive function.